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万見
- PDB-1n6z: Solution NMR Structure of Protein YML108W from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n6z
タイトルSolution NMR Structure of Protein YML108W from Saccharomyces cerevisiae. A novel member of the split bab fold. Northeast Structural Genomics Consortium Target YT601.
要素Hypothetical 12.3 kDa protein in ZDS2-URA5 intergenic region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL PROTEOMICS / OCSP / NESG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YML108W-like / Protein of unknown function DUF1892 / YML108W-like superfamily / Protein of unknown function (DUF1892) / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein YML108W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Pineda-Lucena, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: PROTEIN SCI. / 年: 2003
タイトル: A novel member of the split beta-alpha-beta fold: Solution structure of the hypothetical protein YML108W from Saccharomyces cerevisiae. Ontario Centre for Structural Proteomics target ...タイトル: A novel member of the split beta-alpha-beta fold: Solution structure of the hypothetical protein YML108W from Saccharomyces cerevisiae. Ontario Centre for Structural Proteomics target (YST0204_1_105); Northeast Structural Genomics Target (YT601).
著者: Pineda-Lucena, A. / Liao, J.C.C. / Cort, J.R. / Yee, A. / Kennedy, M.A. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999 The protein that was structurally determined also contains a His tag prior to the sequence listed ... The protein that was structurally determined also contains a His tag prior to the sequence listed in the SEQRES. The His tag sequence is MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH. These His tag residues were missing in the electron density.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 12.3 kDa protein in ZDS2-URA5 intergenic region


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3551
ポリマ－12,3551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 12.3 kDa protein in ZDS2-URA5 intergenic region


分子量: 12355.082 Da / 分子数: 1 / 断片: YML108W / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YML108W OR YM8339.11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03759

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 3D HETERONUECLEAR NMR TECHNIQUES

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試料調製

詳細内容: 1 mM, U-15N,13C 25 mM sodium phosphate (pH=6.5), 450 mM NaCl, 1 mM DTT
溶媒系: 95% H20/5% D2O
試料状態イオン強度: 0.9 / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1DELAGLIO ET AL.解析
DYANA1.5GUNTERT ET AL.構造決定
XEASY1.3.14BARTELS ET AL.データ解析
CYANA1.0.5HERRMANN ET AL.構造決定
DYANA1.5GUNTERT ET AL.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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