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万見
- PDB-1n6u: NMR structure of the interferon-binding ectodomain of the human i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n6u
タイトルNMR structure of the interferon-binding ectodomain of the human interferon receptor
要素Interferon-alpha/beta receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / fibronectin fold / two-domain structure
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor activity / type I interferon binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / type I interferon-mediated signaling pathway / cytokine binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta ...type I interferon receptor activity / type I interferon binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / response to interferon-beta / response to interferon-alpha / type I interferon-mediated signaling pathway / cytokine binding / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / cellular response to interferon-beta / Evasion by RSV of host interferon responses / response to virus / cellular response to virus / Interferon alpha/beta signaling / defense response to virus / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha/beta receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing
データ登録者Chill, J.H. / Quadt, S.R. / Levy, R. / Schreiber, G. / Anglister, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: The human type I interferon receptor. NMR structure reveals the molecular basis of ligand binding.
著者: Chill, J.H. / Quadt, S.R. / Levy, R. / Schreiber, G. / Anglister, J.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: The human interferon receptor: NMR-based modeling, mapping of the IFN-alpha2 binding site, and observed ligand-induced tightening
著者: Chill, J.H. / Nivasch, R. / Levy, R. / Albeck, S. / Schreiber, G. / Anglister, J.
履歴
登録2002年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-alpha/beta receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3231
ポリマ－24,3231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 35structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Interferon-alpha/beta receptor beta chain / IFN-alpha-REC / Type I interferon receptor / IFN-R / Interferon alpha/beta receptor- 2


分子量: 24323.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNAR2 OR IFNARB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P48551
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
121HNHA
232HNCA
242HN(CA)CB
252CBCA(CO)NH
3633D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: Experiments all performed in Shigemi tubed equipped with inserts

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5mM IFNAR2-EC U-15N; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3;95% H2O/5% D2O
20.35mM IFNAR2-EC U-15N,13C; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3;95% H2O/5% D2O
30.35mM IFNAR2-EC U-15N,13C; 20mM d-Tris pH 8, 0.02% NaN3;99% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
120mM Tris 8ambient 308 K
220mM Tris 8ambient 308 K
320mM Tris 8ambient 305 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DMXBrukerDMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3Neidig解析
CNS1.1Brunger構造決定
NMRPipe2.1Delaglioデータ解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1947 inter-residual NOE-derived distance restraints (of which 1066 are long range), 172 dihedral angle restraints (88 experimental and 84 TALOS-derived) ...詳細: the structures are based on a total of 1947 inter-residual NOE-derived distance restraints (of which 1066 are long range), 172 dihedral angle restraints (88 experimental and 84 TALOS-derived), 138 distance restraints from hydrogen bonds, and 109 residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 35 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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