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万見
- PDB-1n6j: Structural basis of sequence-specific recruitment of histone deac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n6j
タイトルStructural basis of sequence-specific recruitment of histone deacetylases by Myocyte Enhancer Factor-2
要素
  • 5'-D(*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*T)-3'
  • Calcineurin-binding protein Cabin 1
  • Myocyte-specific enhancer factor 2B
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MADS-box / Protein-DNA complex / histone deacetylases / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


aggresome / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / protein phosphatase inhibitor activity / muscle organ development / Myogenesis / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / nucleosome assembly / heart development ...aggresome / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / protein phosphatase inhibitor activity / muscle organ development / Myogenesis / histone deacetylase binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / cell junction / nucleosome assembly / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell surface receptor signaling pathway / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Calcineurin-binding protein cabin-1, MEF2-binding domain / MEF2 binding / Histone transcription regulator 3/CABIN1 / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. ...Calcineurin-binding protein cabin-1, MEF2-binding domain / MEF2 binding / Histone transcription regulator 3/CABIN1 / SRF-like / Transcription factor, MADS-box / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2B / Calcineurin-binding protein cabin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Han, A. / Pan, F. / Stroud, J.C. / Youn, H.D. / Liu, J.O. / Chen, L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2003
タイトル: Sequence-specific recruitment of transcriptional co-repressor Cabin1 by myocyte enhancer factor-2
著者: Han, A. / Pan, F. / Stroud, J.C. / Youn, H.D. / Liu, J.O. / Chen, L.
履歴
登録2002年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32015年9月9日Group: Version format compliance
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*C)-3'
D: 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*T)-3'
A: Myocyte-specific enhancer factor 2B
B: Myocyte-specific enhancer factor 2B
G: Calcineurin-binding protein Cabin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2075
ポリマ－34,2075
非ポリマー00
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.140, 70.140, 151.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
モデル数2

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*GP*C)-3'


分子量: 4278.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*T)-3'


分子量: 4278.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Myocyte-specific enhancer factor 2B / Serum response factor-like protein 2 / XMEF2 / RSRFR2


分子量: 10964.712 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 2-91, MADS-box/MEF2S domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2B OR XMEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02080
#4: タンパク質・ペプチド Calcineurin-binding protein Cabin 1 / Calcineurin inhibitor / CHAIN


分子量: 3720.275 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 101-132, Cabin1, MEF2-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CABIN1 OR KIAA0330 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y6J0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: PEG 3500, sodium cholride, BTP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 350011
2sodium cholride11
3BTP11
4H2O11
5PEG 350012
6sodium cholride12
7H2O12
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 6.68 / PH range high: 6.35
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mMbis-Tris-propane1reservoirpH6.35-6.68
215 %PEG10001reservoir
350 mM1reservoirNaCl
410 mM1reservoirCaCl2
55 mM1reservoirMgCl2
610 %glycerol1reservoir
75 mMdithiothreitol1reservoir
82 mMspermine1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 101 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. all: 18733 / Num. obs: 18733 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 19.5 % / Biso Wilson estimate: 23.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 38
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 1135 / Rsym value: 0.37 / % possible all: 54
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / % possible obs: 92.7 % / Num. measured all: 364592 / Rmerge(I) obs: 0.063
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / % possible obs: 77.7 % / Rmerge(I) obs: 0.319

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EGW

1egw


解像度: 2.2→28.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 368477.9 / Data cutoff high rms absF: 368477.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: There are two models represented in this entry (MODEL 1 and MODEL 2) containing 5 chains (ABGCD) each. Molecules ABGCD in MODEL 1 is an alternative conformation to the molecules ABGCD in MODEL 2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1752 9.7 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 17987 89.9 %-
all-17987 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.6301 Å2 / ksol: 0.267209 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.32 Å20 Å20 Å2
2--5.32 Å20 Å2
3----10.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.34 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1705 568 0 228 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.691.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 209 9.2 %
Rwork0.301 2069 -
obs--70.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. reflection obs: 18733 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.09
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.02
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.341 / Rfactor Rwork: 0.313 / Num. reflection Rwork: 1613

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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