+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n60 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Cu,Mo-CO Dehydrogenase (CODH); Cyanide-inactivated Form | ||||||
要素 | (Carbon monoxide dehydrogenase ...) x 3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CODH / molybdenum / molybdopterin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aerobic carbon monoxide dehydrogenase / carbon-monoxide oxygenase activity / : / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oligotropha carboxidovorans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å | ||||||
データ登録者 | Dobbek, H. / Gremer, L. / Kiefersauer, R. / Huber, R. / Meyer, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Catalysis at a dinuclear [CuSMo(=O)OH] cluster in a CO dehydrogenase resolved at 1.1-A resolution 著者: Dobbek, H. / Gremer, L. / Kiefersauer, R. / Huber, R. / Meyer, O. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n60.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1n60.ent.gz | 890.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n60.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n60_validation.pdf.gz | 706.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1n60_full_validation.pdf.gz | 751.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n60_validation.xml.gz | 53.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n60_validation.cif.gz | 99.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n60 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/1n60 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-Carbon monoxide dehydrogenase ... , 3種, 6分子 ADBECF
#1: タンパク質 | 分子量: 17810.428 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア) 株: OM5 参照: UniProt: P19921, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) #2: タンパク質 | 分子量: 88847.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア) 株: OM5 参照: UniProt: P19919, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) #3: タンパク質 | 分子量: 30276.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Oligotropha carboxidovorans (バクテリア) 株: OM5 参照: UniProt: P19920, carbon-monoxide dehydrogenase (acceptor) |
---|
-非ポリマー , 6種, 3351分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FES / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: sodium, potassium phosphate, HEPES, MPD, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法詳細: Dobbek, H., (1999) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 96, 8884. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月14日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.19→20 Å / Num. all: 744094 / Num. obs: 744094 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.19→1.21 Å / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 2299197 / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | *PLUS Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.19→17.8 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.19→17.8 Å
| ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.172 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.23 |