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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n5z | ||||||
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タイトル | Complex structure of Pex13p SH3 domain with a peptide of Pex14p | ||||||
要素 |
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キーワード | PROTEIN TRANSPORT / SH3 domain / PxxP motif | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / peroxisomal membrane / protein transmembrane transporter activity / protein-macromolecule adaptor activity / signaling receptor binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Douangamath, A. / Filipp, F.V. / Klein, A.T.J. / Barnett, P. / Zou, P. / Voorn-Brouwer, T. / Vega, M.C. / Mayans, O.M. / Sattler, M. / Distel, B. / Wilmanns, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: MOL.CELL / 年: 2002 タイトル: Topography for Independent Binding of alpha-Helical and PPII-Helical Ligands to a Peroxisomal SH3 Domain 著者: Douangamath, A. / Filipp, F.V. / Klein, A.T.J. / Barnett, P. / Zou, P. / Voorn-Brouwer, T. / Vega, M.C. / Mayans, O.M. / Sattler, M. / Distel, B. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n5z.cif.gz | 46.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n5z.ent.gz | 34 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n5z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n5z_validation.pdf.gz | 435.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n5z_full_validation.pdf.gz | 439.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n5z_validation.xml.gz | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n5z_validation.cif.gz | 11.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/1n5z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10782.284 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) プラスミド: pMALc2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P80667 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1695.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Chemically synthesized. This sequence occurs naturally in Saccharomyces cerevisiae. 参照: UniProt: P53112 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: Ammonium sulfate, lithium sulfate, tris, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 6298 / Num. obs: 5907 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 65 Å2 / Rsym value: 0.0065 / Net I/σ(I): 21.1 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.7 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.033 / % possible all: 97.4 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 25 Å / Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.4 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 13.558 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.36 / ESU R Free: 0.371 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.974 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.308 / Rfactor Rwork: 0.234 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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