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- PDB-1n5c: Crystal Structure Analysis of the B-DNA Dodecamer CGCGAATT(ethenoC)GCG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n5c
タイトルCrystal Structure Analysis of the B-DNA Dodecamer CGCGAATT(ethenoC)GCG
要素5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(EDC)P*GP*CP*G)-3'
キーワードDNA / B form double helix / 3 / N4-etheno-2'-cytidine modification opposite G
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 同系置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Freisinger, E. / Fernandes, A. / Grollman, A.P. / Kisker, C.F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystallographic Characterization of an Exocyclic DNA Adduct: 3,N4-etheno-2'-deoxycytidine in the Dodecamer 5'-CGCGAATT(ethenoC)GCG-3'
著者: Freisinger, E. / Fernandes, A. / Grollman, A.P. / Kisker, C.F.
履歴
登録2002年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年1月18日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(EDC)P*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,7102
ポリマ－3,6871
非ポリマー231
水1,31573
1
A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(EDC)P*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(EDC)P*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4214
ポリマ－7,3752
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_655-x+y+1,y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)26.723, 26.723, 101.544
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1101-

NA

21A-1002-

HOH

31A-1042-

HOH

41A-1050-

HOH

51A-1056-

HOH

詳細The second part of the biological assembly/double helix is generated by the two fold axis: -x+y+1, y, -z+3/2.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*AP*TP*TP*(EDC)P*GP*CP*G)-3'


分子量: 3687.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.11 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7
詳細: Drop: MPD, potassium chloride, spermine tetrahydrochloride, cacodylate; Reservoir: MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 7.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2KCl11
3spermine tetrahydrochloride11
4cacodylate11
5MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 %(v/v)1drop
240 mMsodium cacodylate1droppH7.0
312 mM1drop
480 mM1dropKCl
535 %(v/v)1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年6月13日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 4113 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.79→1.85 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.187 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 1.79 Å / 最低解像度: 50 Å / Rmerge(I) obs: 0.061

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 同系置換
開始モデル: NDB ENTRY BD0032

解像度: 1.79→20 Å / Num. parameters: 1327 / Num. restraintsaints: 1445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 200 5 %RANDOM
all0.164 3913 --
obs0.161 -99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET'S PRINCIPLE
Refine analyzeOccupancy sum hydrogen: 137 / Occupancy sum non hydrogen: 303.75
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 245 1 73 319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.007
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.065
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.143
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.1612 / Rfactor Rfree: 0.2193 / Rfactor Rwork: 0.061
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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