分子量: 60259.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MODEL WITHOUT ION AND WATER / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 細胞内の位置: PERIPLASMIC SPACE / 参照: UniProt: P24474, EC: 1.9.3.2
ABOUT 50% OF THE C HEMES ARE REDUCED D1 HEMES ARE FULLY OXIDIZED DETERMINED BY ...ABOUT 50% OF THE C HEMES ARE REDUCED D1 HEMES ARE FULLY OXIDIZED DETERMINED BY MICROSPECTROPHOTOMETRY ON THE CRYSTAL.
解像度: 2.75→40 Å / Num. obs: 43791 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 53.6 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル
解像度: 2.75→2.82 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 98
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98 % / Rmerge(I) obs: 0.345
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
X-PLOR
3.8
モデル構築
X-PLOR
3.8
精密化
DENZO
データ削減
PROW
データ削減
CCP4
データスケーリング
X-PLOR
3.8
位相決定
精密化
開始モデル: OXIDIZED NITRITE REDUCTASE FROM PS. AERUGINOSA 解像度: 2.9→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 40000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.246
1303
3.6 %
RANDOM
Rwork
0.208
-
-
-
obs
0.208
36956
98.98 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 34.16 Å2
Refine analyze
Free
Obs
Luzzati coordinate error
0.515 Å
0.43 Å
Luzzati d res low
-
12 Å
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2.9→12 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
8417
0
184
0
8601
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d
0.006
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg
1.75
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION
x_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d
25.18
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d
1.517
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION
x_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION
x_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
x_scangle_it
LS精密化 シェル
解像度: 2.9→3.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8