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- PDB-1n4l: A DNA analogue of the polypurine tract of HIV-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4l
タイトルA DNA analogue of the polypurine tract of HIV-1
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
  • Reverse Transcriptase
キーワードTRANSFERASE/DNA / MMLV RT / Polypurine Tract / HIV-1 / Asymmetric DNA / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...retroviral 3' processing activity / host cell late endosome membrane / DNA catabolic process / ribonuclease H / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / virion assembly / protein-DNA complex / host multivesicular body / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / telomerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / structural constituent of virion / aspartic-type endopeptidase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein ...Gag-Pol polyprotein, Zinc-finger like domain / Murine leukemia virus integrase, C-terminal / Zinc-finger like, probable DNA-binding / Murine leukemia virus (MLV) integrase (IN) C-terminal domain / Gamma-retroviral matrix protein / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Core shell protein Gag P30 / Matrix protein (MA), p15 / Gag polyprotein, inner coat protein p12 / Gag P30 core shell protein / Gamma-retroviral matrix domain superfamily / : / Reverse transcriptase/retrotransposon-derived protein, RNase H-like domain / RNase H-like domain found in reverse transcriptase / HIV Type 1 Reverse Transcriptase, subunit A, domain 1 / HIV Type 1 Reverse Transcriptase; Chain A, domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / Roll / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Gag-Pol polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cote, M.L. / Pflomm, M. / Georgiadis, M.M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Staying Straight with A-tracts: A DNA Analog of the HIV-1 Polypurine Tract
著者: Cote, M.L. / Pflomm, M. / Georgiadis, M.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of an N-terminal Fragment from Moloney Murine Leukemia Virus Reverse Transcriptase Complexed with Nucleic Acid: Functional Implications for Template-primer Binding to the Fingers Domain
著者: Najmudin, S. / Cote, M.L. / Sun, D. / Yohannan, S. / Montano, S.P. / Gu, J. / Georgiadis, M.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: Use of an N-terminal fragment from Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase to facilitate crystallization and analysis of a pseudo-16-mer DNA molecule containing G-A mispairs
著者: Cote, M.L. / Yohannan, S.J. / Georgiadis, M.M.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Structure of a pseudo-16-mer DNA with stacked guanines and two G-A mispairs coomplexed with the N-terminal fragment of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase
著者: Cote, M. / Georgaidis, M.M.
履歴
登録2002年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年1月11日Group: Other
改定 1.42017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月2日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step ...ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_symmetry_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
A: Reverse Transcriptase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7263
ポリマ－38,7263
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'

B: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5834
ポリマ－19,5834
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.410, 146.222, 46.778
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 4929.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*TP*TP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 4862.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Reverse Transcriptase / E.C.2.7.7.49 / MMLV RT


分子量: 28934.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: part of Pol polyprotein
由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
属: Gammaretrovirus / 生物種: Murine leukemia virus / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 4000, NaCl, ADA, MgCl2, HEPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2MgCl211
3ADA11
4HEPES11
5PEG 400011
6NaCl12
7MgCl212
8ADA12
9HEPES12
10PEG 400012
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.4 mMprotein1drop
20.5 mMoligonucleotide1drop
38 %(w/v)PEG40001reservoir
40.05 MADA1reservoirpH6.5
55.0 mMmagnesium acetate1reservoir
61
71
81
91
101

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11081
21081
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X2511.1123
回転陽極RIGAKU21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2002年2月2日
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE2001年4月5日Yale mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 ChannelSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Ni FilterSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11231
21.54181
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 24798 / Num. obs: 23122 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2691 / Rsym value: 0.15 / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 93.9 % / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 2.07 Å / % possible obs: 84.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1D1U

1d1u


解像度: 2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 1249 5.4 %RANDOM
Rwork0.24 ---
all0.241 24798 --
obs0.241 23122 93.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2039 650 0 145 2834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor23
LS精密化 シェル解像度: 2→2.1 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 1249 -
Rwork0.215 --
obs--76.1 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Rfactor Rwork: 0.24
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg1.1

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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