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- PDB-1n4j: STREPTAVIDIN MUTANT N23A AT 2.18A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n4j
タイトルSTREPTAVIDIN MUTANT N23A AT 2.18A
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN-BINDING PROTEIN / homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / isomorphous / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structural studies of hydrogen bonds in the high-affinity streptavidin-biotin complex: mutations of amino acids interacting with the ureido oxygen of biotin.
著者: Le Trong, I. / Freitag, S. / Klumb, L.A. / Chu, V. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E.
履歴
登録2002年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2381
ポリマ－13,2381
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Streptavidin

A: Streptavidin

A: Streptavidin

A: Streptavidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9534
ポリマ－52,9534
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)59.2, 59.2, 179.8
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6036-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13238.311 Da / 分子数: 1 / 断片: core streptavidin, residues 13-139 / 変異: N23A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
遺伝子: core streptavidin / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22629
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG4000, phosphate buffer, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-30 mg/mlprotein1drop
210 %PEG40001reservoir
30.1 Mphosphate1reservoirpH6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: XENTRONICS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年7月3日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→50 Å / Num. all: 26865 / Num. obs: 26865 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. obs: 8077
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 62 % / Rmerge(I) obs: 0.25

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解析

ソフトウェア
名称分類
FRAMBOデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータ削減
SHELXL-97精密化
SAINTデータスケーリング
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: isomorphous
開始モデル: 1RST

1rst


解像度: 2.18→10 Å / Num. parameters: 3649 / Num. restraintsaints: 3560 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2526 739 10 %RANDOM
Rwork0.188 ---
all-7392 --
obs-7392 85.1 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 799 / Occupancy sum non hydrogen: 911.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数849 0 0 63 912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0237
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.034
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.052
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.253 / Rfactor Rwork: 0.187
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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