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- PDB-1n46: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN COMPLEXE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n46
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TR BETA LIGAND-BINDING DOMAIN COMPLEXED WITH A POTENT SUBTYPE-SELECTIVE THYROMIMETIC
要素Thyroid hormone receptor Beta-1
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain ...Thyroid hormone receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PFA / Thyroid hormone receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dow, R.L. / Schneider, S.R. / Paight, E.S. / Hank, R.F. / Chiang, P. / Cornelius, P. / Lee, E. / Newsome, W.P. / Swick, A.G. / Spitzer, J. ...Dow, R.L. / Schneider, S.R. / Paight, E.S. / Hank, R.F. / Chiang, P. / Cornelius, P. / Lee, E. / Newsome, W.P. / Swick, A.G. / Spitzer, J. / Hargrove, D.M. / Patterson, T.A. / Pandit, J. / Chrunyk, B.A. / LeMotte, P.K. / Danley, D.E. / Rosner, M.H. / Ammirati, M.J. / Simons, S.P. / Schulte, G.K. / Tate, B.F. / DaSilva-Jardine, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2003
タイトル: Discovery of a Novel Series of 6-Azauracil-Based Thyroid Hormone Receptor Ligands: Potent, TRbeta Subtype-Selective Thyromimetics
著者: Dow, R.L. / Schneider, S.R. / Paight, E.S. / Hank, R.F. / Chiang, P. / Cornelius, P. / Lee, E. / Newsome, W.P. / Swick, A.G. / Spitzer, J. / Hargrove, D.M. / Patterson, T.A. / Pandit, J. / ...著者: Dow, R.L. / Schneider, S.R. / Paight, E.S. / Hank, R.F. / Chiang, P. / Cornelius, P. / Lee, E. / Newsome, W.P. / Swick, A.G. / Spitzer, J. / Hargrove, D.M. / Patterson, T.A. / Pandit, J. / Chrunyk, B.A. / LeMotte, P.K. / Danley, D.E. / Rosner, M.H. / Ammirati, M.J. / Simons, S.P. / Schulte, G.K. / Tate, B.F. / DaSilva-Jardine, P.
履歴
登録2002年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thyroid hormone receptor Beta-1
B: Thyroid hormone receptor Beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0404
ポリマ－58,3062
非ポリマー7352
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.918, 105.315, 55.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLYAA211 - 2518 - 48
21LYSLYSGLYGLYBB211 - 2518 - 48
32LYSLYSHISHISAA263 - 41260 - 209
42LYSLYSHISHISBB263 - 41260 - 209
53PHEPHEPHEPHEAA417 - 459214 - 256
63PHEPHEPHEPHEBB417 - 459214 - 256

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要素

#1: タンパク質 Thyroid hormone receptor Beta-1 /


分子量: 29152.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10828
#2: 化合物 ChemComp-PFA / [4-(4-HYDROXY-3-ISOPROPYL-PHENOXY)-3,5-DIMETHYL-PHENYL]-6-AZAURACIL / 2-[4-(4-HYDROXY-3-ISOPROPYL-PHENOXY)-3,5-DIMETHYL-PHENYL]-2H-[1,2,4]TRIAZINE-3,5-DIONE / 2-[3,5-ジメチル-4-(3-イソプロピル-4-ヒドロキシフェノキシ)フェニル]-2,3,4,5-テトラヒドロ-1(以下略)


分子量: 367.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H21N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0, temperature 100K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11.8 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Msodium HEPES1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 22969 / Observed criterion σ(I): -3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 6.808 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25621 1226 5.1 %RANDOM
Rwork0.19195 ---
all0.19528 22969 --
obs0.19528 22969 96.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0.35 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3872 0 54 114 4040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0224015
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1781.9825436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.08438588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2245482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.24233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.22267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3410.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2490.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5911.52433
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.87923941
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1431582
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2834.51495
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1361medium positional0.230.5
2220loose positional0.585
1361medium thermal2.842
2220loose thermal4.4510
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 78
Rwork0.233 1367
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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