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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n3b | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Dephosphocoenzyme A kinase from Escherichia coli | ||||||
要素 | Dephospho-CoA kinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / trimer / P-loop / alpha/beta / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | O'Toole, N. / Barbosa, J.A.R.G. / Li, Y. / Hung, L.-W. / Matte, A. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of a Trimeric Form of Dephosphocoenzyme A Kinase from Escherichia coli 著者: O'Toole, N. / Barbosa, J.A.R.G. / Li, Y. / Hung, L.-W. / Matte, A. / Cygler, M. #1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of Dephospho-coenzyme A Kinase from Haemophilus influenzae 著者: Oblomova, G. / Teplyakov, A. / Bonander, N. / Eisenstein, E. / Howard, A. / Gilliland, G. #2: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2001 タイトル: Identification of yace (coaE) as the Structural Gene for Dephosphocoenzyme A Kinase in Escherichia coli K-12 著者: Mishra, P.K. / Park, P.K. / Drueckhammer, D.G. #3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998 タイトル: The structure of a Trimeric Archael Adenylate Kinase 著者: Vorhein, C. / Bonisch, H. / Schafer, G. / Schulz, G.E. #4: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 1983 タイトル: A Bifunctional Enzyme Complex in Coenzyme A Biosynthesis: Purification of Pantetheine Phosphate Adenylyltransferase and Dephospho-CoA Kinase 著者: Worral, D.M. / Tubbs, P.K. #5: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2002 タイトル: Identification and Characterization of the Gene Encoding the Human Adenylyltransferase and Dephosphocoenzyme A Kinase Bifunctional Enzyme 著者: Aghajanian, S. / Worral, D.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n3b.cif.gz | 131.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n3b.ent.gz | 108.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n3b_validation.pdf.gz | 463 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n3b_full_validation.pdf.gz | 476.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n3b_validation.xml.gz | 28.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n3b_validation.cif.gz | 41.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n3b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24037.652 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: COAE / プラスミド: pET20b derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41(DE3) / 参照: UniProt: P0A6I9, dephospho-CoA kinase #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, cacodylate buffer, ammonium sulfate, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.97957, 0.97941 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月4日 / 詳細: monochromating crystal | |||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 59512 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 26.1 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.88 Å / Num. unique all: 5096 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 74.3 | |||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 56459 / % possible obs: 88.7 % / Num. measured all: 380533 / Rmerge(I) obs: 0.063 | |||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 1.87 Å / % possible obs: 71.1 % / Rmerge(I) obs: 0.546 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→40 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: Free-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Bulk solvent correction employed. The structure was refined using Friedel's pairs.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.46 Å2 | ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→40 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 40 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.008 |