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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n31 | ||||||
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タイトル | Structure of A Catalytically Inactive Mutant (K223A) of C-DES with a Substrate (Cystine) Linked to the Co-Factor | ||||||
要素 | L-cysteine/cystine lyase C-DES | ||||||
キーワード | LYASE / inactive mutant / substrate complex / FE-S cluster synthesis / NifS-like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kaiser, J.T. / Bruno, S. / Clausen, T. / Huber, R. / Schiaretti, F. / Mozzarelli, A. / Kessler, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003 タイトル: Snapshots of the Cystine Lyase "C-DES" during Catalysis: Studies in Solution and in the Crystalline State 著者: Kaiser, J.T. / Bruno, S. / Clausen, T. / Huber, R. / Schiaretti, F. / Mozzarelli, A. / Kessler, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n31.cif.gz | 179.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n31.ent.gz | 140.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n31_validation.pdf.gz | 416.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n31_full_validation.pdf.gz | 432.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n31_validation.xml.gz | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n31_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/1n31 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42383.875 Da / 分子数: 2 / 変異: K223A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6714 (バクテリア) 遺伝子: C-DES / プラスミド: psa15-puc19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 3820527, UniProt: Q9ZHG9*PLUS, 付加脱離酵素(リアーゼ); C-Sリアーゼ類; - #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CYS / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.41 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: citric acid, potassium phosphate, ammonium sulfate, peg8000, cystine(solid), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 7.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.05 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→19.92 Å / Num. all: 37135 / Num. obs: 35389 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 20.6 Å2 / Rsym value: 0.062 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.062 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ELQ 解像度: 2.2→19.92 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.2515 Å2 / ksol: 0.294627 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.6 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.33 Å / Luzzati sigma a free: 0.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / Total num. of bins used: 6 /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.195 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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