PDB-1n2a: Crystal Structure of a Bacterial Glutathione Transferase from Esc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n2a

タイトル

Crystal Structure of a Bacterial Glutathione Transferase from Escherichia coli with Glutathione Sulfonate in the Active Site

要素

Glutathione S-transferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione transferase / glutathione transferase activity / response to hydrogen peroxide / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Rife, C.L. / Parsons, J.F. / Xiao, G. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Conserved structural elements in glutathione transferase homologues encoded in the genome of Escherichia coli
著者: Rife, C.L. / Parsons, J.F. / Xiao, G. / Gilliland, G.L. / Armstrong, R.N.

履歴

登録	2002年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n2a.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n2a.ent.gz	71.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n2a_validation.pdf.gz	964.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n2a_full_validation.pdf.gz	978.2 KB	表示
XML形式データ	1n2a_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	1n2a_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/1n2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/1n2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aofS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1f2e-1 1f2e-2 4iel-1 4edz-1 5f05-1 6ci7-1 6m1t-d 4q5r-1 3lg6-2 4igj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (10) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase

B: Glutathione S-transferase

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.616, 57.166, 134.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The biological assembly is a dimer composed of chains A and B.

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase 分子量: 22896.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: GT_1787923 / プラスミド: PET20 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9D2, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GTS / GLUTATHIONE SULFONIC ACID / グルタチオンスルホン酸分子量: 355.322 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₃O₉S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.63 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: PEG 3000, B-n-octyl-glucopyranoside, glutathione sulfonate, sodium acetate, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	10-20 mg/ml	protein	1	drop
2	3-5 mM	glutathione sulfonate	1	drop
3	0.3 %	beta-n-octylglucopyranoside	1	drop
4	7 %	PEG3000	1	drop
5	0.1 M	sodium acetate	1	reservoir
6	14-18 %	PEG3000	1	reservoir	pH4.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 113 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月10日
放射	モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→19.7 Å / Num. obs: 23318 / % possible obs: 87.53 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.042
反射	PLUS % possible obs: 86.8 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs*: 0.041
反射シェル	PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 1.97 Å / % possible obs: 41.6 % / R_merge(I) obs*: 0.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AOF

1aof

解像度: 1.9→19.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 4.128 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26005	2563	9.9 %	RANDOM
R_work	0.19452	-	-	-
all	0.234	-	-	-
obs	0.20089	23318	87.53 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3107	0	46	153	3306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	3220
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2961
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.858	1.985	4364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.056	3	6900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	640
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.343	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.118	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.164	1.5	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.081	2	3121
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.894	3	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.759	4.5	1243
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.953 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	88	-
R_work	0.211	807	-
obs	-	-	87.4 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 19.7 Å / Num. reflection obs: 21775 / R_factor R_free: 0.26 / R_factor R_work: 0.194

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.02
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.86

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)