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- PDB-1n1j: Crystal structure of the NF-YB/NF-YC histone pair -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n1j
タイトルCrystal structure of the NF-YB/NF-YC histone pair
要素
  • NF-YB
  • NF-YC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HISTONE-LIKE PAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / cellular response to leukemia inhibitory factor / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / protein-DNA complex / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein folding ...CCAAT-binding factor complex / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / FOXO-mediated transcription of cell death genes / cellular response to leukemia inhibitory factor / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / PPARA activates gene expression / protein-DNA complex / RNA polymerase II transcription regulator complex / protein folding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 ...Transcription factor, NFYB/HAP3, conserved site / Transcription factor NFYB/HAP3 / NF-YB/HAP3 subunit signature. / : / Transcription factor CBF/NF-Y/archaeal histone domain / Histone-like transcription factor (CBF/NF-Y) and archaeal histone / Histone, subunit A / Histone, subunit A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear transcription factor Y subunit beta / Nuclear transcription factor Y subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Romier, C. / Cocchiarella, F. / Mantovani, R. / Moras, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The NF-YB/NF-YC structure gives insight into DNA binding and transcription regulation by CCAAT factor NF-Y
著者: Romier, C. / Cocchiarella, F. / Mantovani, R. / Moras, D.
履歴
登録2002年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.52024年3月13日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NF-YB
B: NF-YC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1092
ポリマ－22,1092
非ポリマー00
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.624, 60.345, 61.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NF-YB / Nuclear transcription factor Y subunit beta


分子量: 10722.289 Da / 分子数: 1 / 断片: NF-YB3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pACYC11b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25208
#2: タンパク質 NF-YC / Nuclear transcription factor Y subunit gamma


分子量: 11386.336 Da / 分子数: 1 / 断片: NF-YC2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13952
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, magnesium acetate, sodium hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110-14 mg/mlprotein1drop
20.1 Msodium HEPES1reservoirpH7.5
30.2 M1reservoirMg(OAc)2
410-14 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.920023 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.920023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→50 Å / Num. all: 23068 / Num. obs: 22726 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rsym value: 0.026 / Net I/σ(I): 43.8
反射 シェル解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 17.3 / Num. unique all: 1486 / Rsym value: 0.053 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 24 Å / % possible obs: 97.9 % / Num. measured all: 110854 / Rmerge(I) obs: 0.026
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Rmerge(I) obs: 0.053

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ProDCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.67→24 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1171267.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 1095 4.9 %RANDOM
Rwork0.181 ---
all-22945 --
obs-22463 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.8335 Å2 / ksol: 0.393584 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å20 Å20 Å2
2--1.67 Å20 Å2
3----0.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å0.01 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1337 0 0 299 1636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.081.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 178 4.8 %
Rwork0.2 3498 -
obs--98.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
最低解像度: 24 Å / Num. reflection obs: 21368
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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