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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n13 | |||||||||
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タイトル | The Crystal Structure of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannashii | |||||||||
要素 |
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キーワード | LYASE / pyruvoyl group / pyruvate / arginine decarboxylase / agmatine / arginine | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2003 タイトル: Pyruvoyl-Dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannaschii: Crystal Structures of the Self-Cleaved and S53A Proenzyme Forms 著者: Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Methanococcus jannaschii uses a pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase in polyamine biosynthesis 著者: Graham, D.E. / Xu, H. / White, R.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n13.cif.gz | 210.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n13.ent.gz | 169 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n13.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n13_validation.pdf.gz | 527.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n13_full_validation.pdf.gz | 537.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n13_validation.xml.gz | 44.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n13_validation.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n13 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/1n13 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | Two (alpha beta)3 trimers are in the asymmetric unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 5428.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon-Plus(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase #2: タンパク質 | 分子量: 12297.416 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon-Plus(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase #3: 化合物 | ChemComp-AG2 / #4: 化合物 | ChemComp-MRD / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, ...詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, arginine methyl ester, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.4→29.16 Å / Num. all: 105327 / Num. obs: 103325 / % possible obs: 59.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 771 / % possible all: 4.4 | ||||||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. obs: 105327 / Num. measured all: 290225 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 0.044 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Model refined against first crystal (CHESS) data then later extended to higher resolution with inclusion of second data set (Rfree reflections kept consistent with addition of higher resolution data).
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.1607 Å2 / ksol: 0.422321 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.4 Å / Rfactor Rwork: 0.192 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 1.45 Å / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.258 |