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万見
- PDB-1n13: The Crystal Structure of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n13
タイトルThe Crystal Structure of Pyruvoyl-dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannashii
要素
  • Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
  • Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
キーワードLYASE / pyruvoyl group / pyruvate / arginine decarboxylase / agmatine / arginine
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine decarboxylase / arginine decarboxylase activity / L-arginine catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase (PvlArgDC) / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase, subunit B / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase / Pyruvoyl-dependent histidine/arginine decarboxylase, 3-layer sandwich domain / Pyruvoyl-Dependent Histidine Decarboxylase; Chain B / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AGMATINE / Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Pyruvoyl-Dependent Arginine Decarboxylase from Methanococcus jannaschii: Crystal Structures of the Self-Cleaved and S53A Proenzyme Forms
著者: Tolbert, W.D. / Graham, D.E. / White, R.H. / Ealick, S.E.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Methanococcus jannaschii uses a pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase in polyamine biosynthesis
著者: Graham, D.E. / Xu, H. / White, R.H.
履歴
登録2002年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
G: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
H: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
I: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
J: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
K: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
L: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,08026
ポリマ－106,35312
非ポリマー1,72714
水13,259736
1
A: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
B: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
C: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
D: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
E: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
F: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04013
ポリマ－53,1776
非ポリマー8637
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21700 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area18080 Å2
手法PISA
2
G: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
H: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
I: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
J: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
K: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain
L: Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,04013
ポリマ－53,1776
非ポリマー8637
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21530 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.460, 92.880, 87.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.74, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Two (alpha beta)3 trimers are in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase beta chain / PvlArgDC


分子量: 5428.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon-Plus(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase
#2: タンパク質
Pyruvoyl-dependent arginine decarboxylase alpha chain / PvlArgDC


分子量: 12297.416 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0316 / プラスミド: pET19b (Novagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Codon-Plus(DE3)-RIL (Stratagene) / 参照: UniProt: Q57764, arginine decarboxylase
#3: 化合物
ChemComp-AG2 / AGMATINE / (4-AMINOBUTYL)GUANIDINE / アグマチン


分子量: 130.191 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N4
#4: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.02 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, ...詳細: PEG 2000, 2-methyl-2,4-pentanediol, glycerol, n-[2-hydroxyethyl]piperazine-N'-[2-ethanesulfonic acid], beta-octyl glucoside, putrescine, ethylenediaminetetraacetic acid, dithiothreitol, arginine methyl ester, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
118-21 %PEG20001reservoir
210 %MPD1reservoir
32.5 %glycerol1reservoir
4100 mMHEPES1reservoirpH7.0
50.5 mMbeta-octylglucoside1reservoir
60.5 mMputrescine1reservoir
75 mMEDTA1reservoir
810 mMdithiothreitol1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンCHESS F210.98
シンクロトロンAPS 8-BM20.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2002年1月1日
ADSC QUANTUM 3152CCD2002年1月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.97931
反射解像度: 1.4→29.16 Å / Num. all: 105327 / Num. obs: 103325 / % possible obs: 59.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 11.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 1.1 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 771 / % possible all: 4.4
反射
*PLUS
Num. obs: 105327 / Num. measured all: 290225
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / % possible obs: 0.044 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.4→29.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Model refined against first crystal (CHESS) data then later extended to higher resolution with inclusion of second data set (Rfree reflections kept consistent with addition of higher resolution data).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 10235 10 %RANDOM
Rwork0.1915 ---
all0.196 105327 --
obs0.1915 101892 57.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.1607 Å2 / ksol: 0.422321 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.81 Å20 Å2-0.99 Å2
2--6.79 Å20 Å2
3----2.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7406 0 54 800 8260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.172
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.182.5
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 181 10.7 %
Rwork0.231 1507 -
obs--5.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEINAG2.PARAMPROTEINAG2.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3MPD.PARAMMPD.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.4 Å / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.16
LS精密化 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.45 Å / Rfactor Rfree: 0.266 / Rfactor Rwork: 0.258

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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