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- PDB-1n0x: Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1n0x
タイトルCrystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope
要素
  • (IMMUNOGLOBULIN ...) x 2
  • B2.1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody-peptide complex / peptide dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Saphire, E.O. / Montero, M. / Menendez, A. / Irving, M.B. / Zwick, M.B. / Parren, P.W.H.I. / Burton, D.R. / Scott, J.K. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Broadly Neutralizing Anti-HIV-1 Antibody in Complex with a Peptide Mimotope
著者: Saphire, E.O. / Montero, M. / Menendez, A. / Irving, M.B. / Zwick, M.B. / Parren, P.W.H.I. / Burton, D.R. / Scott, J.K. / Wilson, I.A.
履歴
登録2002年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年6月21日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Experimental preparation / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
Remark 999Sequence The Genbank database sequence (AAA52919) is the correct match for the variable portion of ...Sequence The Genbank database sequence (AAA52919) is the correct match for the variable portion of the heavy chain except that the N-terminus has been changed from LEQSGAE to QVQLVQSGAE in the process of cloning from the recombinant Fab fragment to the IgG. The constant domains of the heavy chains H and K have the same sequence as all human IgG1 antibodies. The variable region of the light chain matches the Genbank database sequence (AAA52920) except that the N-terminus was changed in cloning to the IgG from ELTQAPG to EIVLTQSPG; the constant domains of the light chains L and M have the same sequence as all human kappa light chains. The authors maintain that the sequence of L and M, residue ALA 34 should be an ALA and not ARG (residue 33 in the sequence database).

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
H: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
M: IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN
K: IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN
P: B2.1 peptide
R: B2.1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,76820
ポリマ－102,3866
非ポリマー1,38114
水13,061725
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.621, 184.358, 56.173
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Fab #1 is comprised of chains L and H. Fab #2 is comprised of chains M and K. / The peptide chains P and R form a dimer. Peptide chain P binds Fab #1 (LH) Peptide chain R binds Fab #2 (MK)

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 PR

#3: タンパク質・ペプチド B2.1 peptide


分子量: 2546.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: selected from phage display peptide library, then chemically synthesized.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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抗体 , 2種, 4分子 LMHK

#1: 抗体 IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN / IGG


分子量: 23707.354 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 132-239 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO K1 / 参照: UniProt: Q8TCD0, UniProt: P01834*PLUS
#2: 抗体 IMMUNOGLOBULIN HEAVY CHAIN / IGG / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 24938.898 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 117-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): ovary cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO K1 / 参照: UniProt: P0DOX5

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非ポリマー , 5種, 739分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 725 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.61 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, CAPS buffer, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

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データ収集

回折平均測定温度: 171 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月22日 / 詳細: flat mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→33.45 Å / Num. all: 94383 / Num. obs: 84895 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 20.1 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4468 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab domains from uncomplexed IgG1 b12 structure (1HZH)

1hzh


解像度: 1.8→45 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 10% test set (9419) reflections selected for initial rounds of refinement. For final round of refinement, a 2% test set was randomly selected from reflections contained in the original 10% test set.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1967 -random
Rwork0.22 ---
all0.229 94383 --
obs0.229 84895 92 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å2-0.34 Å2
2--2.678 Å20 Å2
3----3.268 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7091 0 83 725 7899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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