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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n0v | ||||||
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タイトル | Crystal structure of elongation factor 2 | ||||||
![]() | Elongation factor 2 | ||||||
![]() | TRANSLATION / G-protein cis-proline | ||||||
機能・相同性 | ![]() Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding ...Peptide chain elongation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / positive regulation of translational elongation / Protein methylation / translational elongation / translation elongation factor activity / Neutrophil degranulation / maintenance of translational fidelity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ribosome binding / protein-folding chaperone binding / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joergensen, R. / Ortiz, P.A. / Carr-Schmid, A. / Nissen, P. / Kinzy, T.G. / Andersen, G.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Two crystal structures demonstrate large conformational changes in the eukaryotic ribosomal translocase. 著者: Joergensen, R. / Ortiz, P.A. / Carr-Schmid, A. / Nissen, P. / Kinzy, T.G. / Andersen, G.R. #1: ![]() タイトル: Purification and Crystallization of the yeast elongation factor eEF2 著者: Joergensen, R. / Carr-Schmid, A. / Ortiz, P.A. / Kinzy, T.G. / Andersen, G.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 321.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 260.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 446.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 83.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The molecule functions as a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 93407.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.21 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2 詳細: PEG8K, Hepes, ethylene glycol; magnesium chloride, GDP, EDTA, DTT, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 100K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Joergensen, R., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 712. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.038 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. all: 47695 / Num. obs: 45917 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 39.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.316 / % possible all: 97 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 30 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Structure of eEF2-sordarin complex 解像度: 2.85→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→30 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 30 Å | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |