PDB-1n0r: 4ANK: A designed ankyrin repeat protein with four identical conse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1n0r

タイトル

4ANK: A designed ankyrin repeat protein with four identical consensus repeats

要素

4 ankyrin repeats

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / ANKYRIN REPEAT / ANK

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / BROMIDE ION

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Single anomolous diffraction / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: Consensus-derived structural determinants of the ankyrin repeat motif.
著者: Mosavi, L.K. / Minor Jr., D.L. / Peng, Z.-Y.

履歴

登録	2002年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年2月1日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1n0r.cif.gz	35.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1n0r.ent.gz	25.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1n0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1n0r_validation.pdf.gz	401 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1n0r_full_validation.pdf.gz	403.1 KB	表示
XML形式データ	1n0r_validation.xml.gz	5.1 KB	表示
CIF形式データ	1n0r_validation.cif.gz	6.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1n0qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3i3j-1 5hen-1 3kaa-2 4j63-d 5fe7-2 5fe0-2 3c5r-2 5g4r-4 3oqa-d 2qv8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4 ankyrin repeats

ヘテロ分子

13.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	28.429, 46.115, 81.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	4 ankyrin repeats / 4ANK 分子量: 13448.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 遺伝子: designed consensus ankyrin repeat / プラスミド: pAED4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.12 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: sodium cacodylate, magnesium bromide, MPD, isopropanol, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	20 mg/ml	protein	1	drop
2	0.2 M		1	reservoir	MgBr2
3	0.1 M	sodium cacodylate	1	reservoir		pH6.4
4	33 %	MPD	1	reservoir
5	15 %	isopropanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9199 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2002年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→46.14 Å / Num. all: 17879 / Num. obs: 16966 / % possible obs: 99.78 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / R_sym value: 0.07
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / % possible obs: 99.92 % / R_merge(I) obs*: 0.07
反射シェル	PLUS Num. unique obs: 913 / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs*: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SOLVE		位相決定
REFMAC	5	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Single anomolous diffraction / 解像度: 1.5→19.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 1.524 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24916	913	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21605	-	-	-
all	0.21605	-	-	-
obs	0.21763	16966	99.92 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.619 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	946	0	2	86	1034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	958
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.977	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.492	3	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.114	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	712
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.246	0.3	481
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.244	0.5	66
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.173	0.3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.715	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.818	1.5	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.528	2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.173	3	337
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.818	4.5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.351	59
R_work	0.247	1229

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2414	0.3621	0.2544	0.5932	0.4851	2.5717	-0.0113	-0.0351	0.0335	-0.0048	-0.0755	0.0865	-0.0098	-0.1202	0.0867	0.0847	0.0022	-0.0023	0.1027	-0.0072	0.1175	21.0596	43.2331	18.1339
2	-35.9116	-7.3685	10.3643	-25.2849	-10.0884	-1.9959	0.1039	-0.6635	0.0283	0.3252	-0.1365	-0.2973	0.0207	0.0572	0.0326	0.1158	0.0086	-0.0366	0.115	0.0425	0.0295	29.7577	43.5727	25.0751
3	0.1991	0.0612	-0.4132	0.9815	0.8659	3.0496	-0.0442	0.0163	0.0468	-0.0377	-0.0931	0.0539	-0.0031	-0.2004	0.1372	0.0217	-0.0214	-0.0093	0.0621	0.0258	0.1305	22.5414	41.2988	14.9966

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 126	1 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	B - C	127 - 128	1 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	D	129 - 214	1 - 86

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.249 / R_factor R_work: 0.216

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.49

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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