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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1n04 | ||||||
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タイトル | Diferric chicken serum transferrin at 2.8 A resolution. | ||||||
要素 | serum transferrin | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / Iron transport / bilobal | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide ...extracellular sequestering of iron ion / organomineral extracellular matrix / antimicrobial humoral response / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / acute-phase response / recycling endosome / iron ion transport / antibacterial humoral response / response to lipopolysaccharide / early endosome / response to xenobiotic stimulus / iron ion binding / extracellular space / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Guha Thakurta, P. / Choudhury, D. / Dasgupta, R. / Dattagupta, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Structure of diferric hen serum transferrin at 2.8 A resolution. 著者: Guha Thakurta, P. / Choudhury, D. / Dasgupta, R. / Dattagupta, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1n04.cif.gz | 144.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1n04.ent.gz | 112.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1n04.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1n04_validation.pdf.gz | 465.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1n04_full_validation.pdf.gz | 501.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1n04_validation.xml.gz | 30.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1n04_validation.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/1n04 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75929.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: Serum / 参照: UniProt: P02789 | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-FUL / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 |
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結晶化 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 277 K / pH: 5.9 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月17日 / 詳細: Osmic MaxFlux confocal optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 155917 / 冗長度: 9.01 % / Biso Wilson estimate: 54.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.86 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique all: 17301 |
反射 | *PLUS Num. obs: 17301 / % possible obs: 92.3 % / Num. measured all: 155917 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.4 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Diferric chicken ovotransferrin at 2.4 A resolution 解像度: 2.8→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 1713602.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 22.6603 Å2 / ksol: 0.269675 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→14.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection obs: 14925 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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