PDB-1mzv: Crystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) Fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mzv

タイトル

Crystal Structure of Adenine Phosphoribosyltransferase (APRT) From Leishmania tarentolae

要素

Adenine Phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / alpha/beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine phosphoribosyltransferase activity / adenine phosphoribosyltransferase / nucleoside metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Leishmania tarentolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Thiemann, O.H. / Silva, M. / Oliva, G. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of adenine phosphoribosyltransferase from Leishmania tarentolae: potential implications for APRT catalytic mechanism.
著者: Silva, M. / Silva, C.H.T.P. / Iulek, J. / Oliva, G. / Thiemann, O.H.

履歴

登録	2002年10月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mzv.cif.gz	61.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mzv.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mzv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mzv_validation.pdf.gz	787 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mzv_full_validation.pdf.gz	789.6 KB	表示
XML形式データ	1mzv_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	1mzv_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/1mzv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1qb7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5hdu-1 2db3-3 3sq8-4 3sq3-1 3sq8-1 4fse-1 4djw-2 5v2j-1 5bte-2 2db3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (3) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#151 - 2012年7月
ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase)
類似性 (3)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenine Phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

26.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenine Phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

A: Adenine Phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.538, 64.538, 234.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y-x, y, 1/2-z

#1: タンパク質	Adenine Phosphoribosyltransferase 分子量: 25913.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leishmania tarentolae (真核生物) / プラスミド: pET29(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O77103, adenine phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.75 %

結晶化

温度: 277 K / pH: 7
詳細: MOPS 100 mM, 22% isopropanol, Protein at 8 mg/ml, pH 7.00, temperature 277K

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	8 mg/ml	protein	1	drop
2	2 mM	AMP	1	drop
3	100 mM	MOPS	1	reservoir	pH7.0
4	22 %	isopropanol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年8月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→28.27 Å / Num. obs: 15513 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / % possible all: 93.1
反射	PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 14724 / % possible obs: 99.5 % / Num. measured all: 229639 / R_merge(I) obs*: 0.06

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.1.08	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QB7

1qb7

解像度: 2.2→28.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	789	5.1 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	14724	99.5 %	-
all	-	15513	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.01 Å²	1.01 Å²	0 Å²
2-	-	2.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1650	0	28	233	1911

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.494	2.001	2317
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.619	5	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.99	22.985	67
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.767	15	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.577	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	264
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	337
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.25	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	951
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.233	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.368	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.653	1.5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.231	2	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.952	3	640
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.251	4.5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.278	58
R_work	0.229	986

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.3269 Å / Origin y: 31.2102 Å / Origin z: 68.421 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1567 Å²	0.02 Å²	-0.154 Å²	-	0.0033 Å²	-0.0197 Å²	-	-	0.1514 Å²
L	1.9834 °²	-0.2831 °²	2.4906 °²	-	1.5704 °²	0.1629 °²	-	-	5.8951 °²
S	-0.2356 Å °	0.0148 Å °	0.1499 Å °	0.1496 Å °	0.1159 Å °	-0.1258 Å °	-0.3365 Å °	0.3358 Å °	0.1198 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 217	2 - 217
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	301	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	401	1
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	D	402 - 634	1 - 233

精密化

*PLUS

R_factor R_free: 0.2178 / R_factor R_work: 0.1809

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.494

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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