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- PDB-1mzt: NMR structure of the fd bacteriophage pVIII coat protein in lipid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzt
タイトルNMR structure of the fd bacteriophage pVIII coat protein in lipid bilayer membranes
要素major coat protein pVIII
キーワードVIRAL PROTEIN / fd coat protein / membrane-bound / pVIII
機能・相同性Phage major coat protein, Gp8 / Bacteriophage M13, G8P, capsid domain superfamily / Capsid protein G8P / helical viral capsid / host cell membrane / membrane / Capsid protein G8P
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage fd (ファージ)
手法個体NMR / Calculation of bond orientations, dihedral angles from solid-state NMR restraints, back-calculation of NMR data from oriented structure
データ登録者Marassi, F.M. / Opella, S.J.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / : 2003
タイトル: Simultaneous assignment and structure determination of a membrane protein from NMR orientational restraints
著者: Marassi, F.M. / Opella, S.J.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / : 2002
タイトル: Using Pisa pies to resolve ambiguities in angular constraints from PISEMA spectra of aligned proteins
著者: Marassi, F.M. / Opella, S.J.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE AUTHOR PROVIDED COORDINATES FOR THE PROTEIN BACKBONE ONLY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: major coat protein pVIII


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2441
ポリマ-5,2441
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 6structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド major coat protein pVIII / Filamentous phage cloning vector fd-tet


分子量: 5244.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage fd (ファージ) / : Inovirus / 生物種: Enterobacteria phage M13 / 参照: UniProt: P69539

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験タイプ: 1H/15N PISEMA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined from one uniformly and four selectively 15N-labeled samples.

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試料調製

詳細内容: 8 mg 15N-labeled fd coat protein, 64 mg POPC, 16 mg POPG, lipid bilayers oriented on glass slides
溶媒系: Lipid bilayers hydrated in water
試料状態イオン強度: 0 / pH: 7 / : ambient / 温度: 296 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Chemagnetics CMX / 製造業者: Chemagnetics / モデル: CMX / 磁場強度: 400 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CMXW95Chemagneticscollection
Felix95Biosymデータ解析
BACKTOR2Marassi, Opella構造決定
BACKTOR2Marassi, Opella精密化
精密化手法: Calculation of bond orientations, dihedral angles from solid-state NMR restraints, back-calculation of NMR data from oriented structure
ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculated from 40 chemical shift and 40 dipolar coupling restraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 6 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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