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万見
- PDB-1mzs: CRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III WITH BOUND di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mzs
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF BETA-KETOACYL-ACP SYNTHASE III WITH BOUND dichlorobenzyloxy-indole-carboxylic acid inhibitor
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
キーワードTRANSFERASE / FABH
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-669 / PHOSPHATE ION / Beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Daines, R.A. / Pendrak, I. / Sham, K. / Van Aller, G.S. / Konstantinidis, A.K. / Lonsdale, J.T. / Janson, C.A. / Qui, X. / Brandt, M. / Silverman, C. / Head, M.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2003
タイトル: First X-ray cocrystal structure of a bacterial FabH condensing enzyme and a small molecule inhibitor achieved using rational design and homology modeling
著者: Daines, R.A. / Pendrak, I. / Sham, K. / Van Aller, G.S. / Konstantinidis, A.K. / Lonsdale, J.T. / Janson, C.A. / Qiu, X. / Brandt, M. / Khandekar, S.S. / Silverman, C. / Head, M.S.
履歴
登録2002年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1403
ポリマ－33,5951
非ポリマー5452
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
ヘテロ分子

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2816
ポリマ－67,1902
非ポリマー1,0914
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area6570 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area21560 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)72.340, 72.340, 100.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / BETA-KETOACYL-ACP synthase III / KAS III


分子量: 33595.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A6R0, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-669 / 1-(5-CARBOXYPENTYL)-5-(2,6-DICHLOROBENZYLOXY)-1H-INDOLE-2-CARBOXYLIC ACID


分子量: 450.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H21Cl2NO5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.27 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 8000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7 / 手法: unknown / 詳細: Qiu, X., (1999) J.Biol.Chem., 274, 36465.
溶液の組成
*PLUS
濃度: 14 % / 一般名: PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 14354 / Num. obs: 14354 / % possible obs: 85.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 3.15 / Num. unique all: 1572 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 0.92
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1d9b

1d9b
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 696 4.3 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.1751 13792 85 %-
all-16176 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 35 177 2559
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55047
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.8751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.3432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.232.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3201 64 5.3 %
Rwork0.2675 1199 -
obs-13792 85.3 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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