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万見
- PDB-1myk: CRYSTAL STRUCTURE, FOLDING, AND OPERATOR BINDING OF THE HYPERSTAB... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1myk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE, FOLDING, AND OPERATOR BINDING OF THE HYPERSTABLE ARC REPRESSOR MUTANT PL8
要素ARC REPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc-like DNA binding domain / Arc-like DNA binding domain / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor arc
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage P22 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schildbach, J.F. / Milla, M.E. / Jeffrey, P.D. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Crystal structure, folding, and operator binding of the hyperstable Arc repressor mutant PL8.
著者: Schildbach, J.F. / Milla, M.E. / Jeffrey, P.D. / Raumann, B.E. / Sauer, R.T.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: DNA Recognition by Beta-Sheets in the Arc Repressor-Operator Crystal Structure
著者: Raumann, B.E. / Rould, M.A. / Pabo, C.O. / Sauer, R.T.
履歴
登録1994年10月12日処理サイト: BNL
改定 1.01995年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARC REPRESSOR
B: ARC REPRESSOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5092
ポリマ－12,5092
非ポリマー00
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.800, 51.800, 110.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 ARC REPRESSOR


分子量: 6254.315 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P22 (ファージ)
属: P22-like viruses / 遺伝子: MUTATED ARC GENE / プラスミド: PTA200-PL8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03050
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PL8 IS HYPERSTABLE RELATIVE TO ARC, BUT HAS REDUCED AFFINITY FOR DNA. PL8 DIMER IS 2.5 KCALMOL MORE ...PL8 IS HYPERSTABLE RELATIVE TO ARC, BUT HAS REDUCED AFFINITY FOR DNA. PL8 DIMER IS 2.5 KCALMOL MORE STABLE THAN WILD TYPE DIMER BY THERMAL OR CHEMICAL DENATURATION. DNA AFFINITY IS DOWN 5.0 KCALMOL FOR REACTION OF TWO DIMERS BINDING ARC OPERATOR. ARC AND PL8 ARE DIMERIC IN SOLUTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.56 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
115 mg/mlprotein1drop
230 mMbis-tris propane-HCl1drop
31 mM1dropNaN3
422-24 %PEG34001dropprecipitant
57-9 %2-propanol1dropprecipitant
6100 mMNaHEPES1dropprecipitant
7precipitant1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 5340 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 6 Å / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.5 Å / % possible obs: 56.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.4→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 --
Rwork0.217 --
obs0.217 5340 90.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 33.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数764 0 0 16 780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d19.99
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.18
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.152.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 5340 / Rfactor obs: 0.217 / Rfactor Rfree: 0.277
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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