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- PDB-1my6: The 1.6 A Structure of Fe-Superoxide Dismutase from the thermophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1my6
タイトルThe 1.6 A Structure of Fe-Superoxide Dismutase from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus : Correlation of EPR and Structural Characteristics
要素Iron (III) Superoxide Dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron Speroxide Dismutase / thermophile / reactive oxygen species / cyanobacteria / thermosynechococcus / Thermosynechococcus elongatus / Superoxide Dismutase / SOD / FeSOD / Iron(III) Superoxide Dismutase
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Yoshida, S.M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Kerfeld, C.A.
引用ジャーナル: J.BIOL.INORG.CHEM. / 年: 2003
タイトル: The 1.6 A resolution structure of Fe-superoxide dismutase from the thermophilic cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus.
著者: Kerfeld, C.A. / Yoshida, S. / Tran, K.T. / Yeates, T.O. / Cascio, D. / Bottin, H. / Berthomieu, C. / Sugiura, M. / Boussac, A.
履歴
登録2002年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron (III) Superoxide Dismutase
B: Iron (III) Superoxide Dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3254
ポリマ－44,2132
非ポリマー1122
水10,178565
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.749, 63.644, 74.709
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.45, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Iron (III) Superoxide Dismutase


分子量: 22106.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DIR2, superoxide dismutase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 293.15K, 0.1M Sodium Cacodylate pH 6.7, 0.2M Magnesium Acetate Tetrahydrate, 20% PEG 6K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111.7 mg/mlprotein1drop
210 mMTris1droppH7.5
30.1 Msodium cacodylate1reservoirpH6.7
40.2 Mmagnesium acetate tetrahydrate1reservoir
520 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→70 Å / Num. obs: 53851 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 16.18 % / Biso Wilson estimate: 15.3 Å2 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 14.28 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 6.35 / Num. unique all: 5643 / Rsym value: 0.32 / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
% possible obs: 99.57 % / Num. measured all: 274614 / Rmerge(I) obs: 0.088
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 1.66 Å / % possible obs: 94.5 % / Rmerge(I) obs: 0.322

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: FeSOD from E.coli, PDB entry 1isc

1isc


解像度: 1.6→70 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 1.748 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Refined with anisotropic temperature factors. NCS restraints were not applied on the 2 molecules in the asymmetric unit.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23208 2896 5.1 %RANDOM
Rwork0.19377 ---
obs0.19577 53851 94.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.669 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20.82 Å2
2---1.54 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 2 565 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213224
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022744
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6231.9144396
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90336392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.885394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0110.02686
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.2739
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2470.23169
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21715
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2130.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2970.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3121.51966
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9123138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.61631258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6934.51258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.52223224
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.6712567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.12423130
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.25 215
Rwork0.159 4063
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.226 / Rfactor Rwork: 0.189
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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