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- PDB-1mx9: Crystal Structure of Human Liver Carboxylesterase in complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mx9
タイトルCrystal Structure of Human Liver Carboxylesterase in complexed with naloxone methiodide, a heroin analogue
要素liver Carboxylesterase I
キーワードHYDROLASE / esterase / heroin
機能・相同性
機能・相同性情報


cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity ...cholesterol ester hydrolysis involved in cholesterol transport / methylumbelliferyl-acetate deacetylase / methylumbelliferyl-acetate deacetylase activity / regulation of bile acid secretion / sterol esterase / sterol ester esterase activity / medium-chain fatty acid metabolic process / carboxylesterase / Physiological factors / carboxylesterase activity / regulation of bile acid biosynthetic process / positive regulation of cholesterol metabolic process / cellular response to cholesterol / reverse cholesterol transport / Phase I - Functionalization of compounds / carboxylic ester hydrolase activity / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of cholesterol storage / Aspirin ADME / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / lipid catabolic process / lipid droplet / epithelial cell differentiation / cholesterol metabolic process / cholesterol homeostasis / response to toxic substance / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...: / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NLX / Liver carboxylesterase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bencharit, S. / Morton, C.L. / Xue, Y. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structural Basis of Heroin and Cocaine Metabolism by a Promiscuous Human Drug-Processing Enzyme
著者: Bencharit, S. / Morton, C.L. / Xue, Y. / Potter, P.M. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2002年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). The authors have confirmed that human carboxylesterase 1 will form a trimer or hexamer in solution by Atomic Force Microscopy (AFM). They found the ratio of monomer:trimer:hexmer is ~ 10:44:46. 1MX1 contains a hexamer, 1MX5 contains 2 trimers. This entry contains two hexamers. The authors found that the trimer:hexmer ratio is dependent on the type and amount of ligands.
Remark 999SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS NO GLN 362 (CALLED hCEv in: Kroetz DL, McBride OW, Gonzalez FJ. ...SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS NO GLN 362 (CALLED hCEv in: Kroetz DL, McBride OW, Gonzalez FJ.Glycosylation-dependent activity of baculovirus-expressed human liver carboxylesterases: cDNA cloning and characterization of two highly similar enzyme forms. Biochemistry 1993 Nov 2;32(43):11606-17)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: liver Carboxylesterase I
B: liver Carboxylesterase I
C: liver Carboxylesterase I
D: liver Carboxylesterase I
E: liver Carboxylesterase I
F: liver Carboxylesterase I
G: liver Carboxylesterase I
H: liver Carboxylesterase I
I: liver Carboxylesterase I
J: liver Carboxylesterase I
K: liver Carboxylesterase I
L: liver Carboxylesterase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)733,12137
ポリマ－726,13612
非ポリマー6,98525
水20,3391129
1
A: liver Carboxylesterase I
B: liver Carboxylesterase I
C: liver Carboxylesterase I
D: liver Carboxylesterase I
E: liver Carboxylesterase I
F: liver Carboxylesterase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,67119
ポリマ－363,0686
非ポリマー3,60313
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22680 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area106990 Å2
手法PISA
2
G: liver Carboxylesterase I
H: liver Carboxylesterase I
I: liver Carboxylesterase I
J: liver Carboxylesterase I
K: liver Carboxylesterase I
L: liver Carboxylesterase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,45018
ポリマ－363,0686
非ポリマー3,38212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22490 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area105970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.174, 120.711, 177.017
Angle α, β, γ (deg.)90.28, 89.32, 99.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological assembly is two hexamers formed by four trimers in one asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
liver Carboxylesterase I / hCEv / Acyl coenzyme A:cholesterol acyltransferase / ACAT / Monocyte/macrophage serine esterase / ...hCEv / Acyl coenzyme A:cholesterol acyltransferase / ACAT / Monocyte/macrophage serine esterase / HMSE / Serine esterase 1


分子量: 60511.328 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23141, carboxylesterase
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-NLX / (5A,17R)-4,5-EPOXY-3,14-DIHYDROXY-17-METHYL-6-OXO-17-(2-PROPENYL)-MORPHINANIUM / N-METHYLNALOXONIUM


分子量: 342.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG3350, Glycerol, lithium sulfate, lithium chloride, sodium chloride, sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
13 mg/mlprotein1drop
250 mMHEPES1droppH7.4
310 mMnaloxone methiodide1dropor 100mM homatropine
410 %(w/v)PEG33501reservoir
50.4 M1reservoirLi2SO4
60.1 M1reservoirNaCl
70.1 M1reservoirLiCl
80.1 Mcitrate1reservoirpH5.5
95 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 158131 / Num. obs: 157959 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 36.5 Å2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 95.7
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 1.8 % / Num. measured all: 285255 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 3.08 Å / % possible obs: 95.7 % / Rmerge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 11073 7 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.247 164970 --
obs0.214 157959 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 31.7312 Å2 / ksol: 0.31259 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.97 Å23.92 Å21.08 Å2
2---1.72 Å20.55 Å2
3----7.24 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.49 Å / Luzzati sigma a free: 0.55 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49523 0 482 1129 51134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.822.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 1762 6.9 %
Rwork0.3 23785 -
obs--92.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN_NOHYDROGEN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5NLX.PARNLX.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 7 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / Rfactor Rfree: 0.418 / Rfactor Rwork: 0.339

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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