PDB-1mx0: Structure of topoisomerase subunit

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mx0

タイトル

Structure of topoisomerase subunit

要素

Type II DNA topoisomerase VI subunit B

キーワード

ISOMERASE / GHKL ATPase / topoisomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus shibatae (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Corbett, K.D. / Berger, J.M.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2003
タイトル: Structure of the topoisomerase VI-B subunit: implications for type II topoisomerase mechanism and evolution
著者: Corbett, K.D. / Berger, J.M.

履歴

登録	2002年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年1月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE Authors state the database/coordinate conflicts for residues 303 and 435 of chains ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb1mx0.ent.gz	465.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/1mx0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1mu5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1z5c-d 1z5a-d 6m6q-d 1z5b-d 2yz7-1 3pe8-1 2hln-2 2yz7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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インテイン (Inteins)
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Hsp90 (Hsp90)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

B: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

C: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

D: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

E: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

F: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

ヘテロ分子

327 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

B: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

D: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

ヘテロ分子

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109 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

F: Type II DNA topoisomerase VI subunit B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	146.655, 219.192, 106.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Type II DNA topoisomerase VI subunit B 分子量: 54004.164 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus shibatae (古細菌) / 遺伝子: top6b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O05207, EC: 5.99.1.3
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.33 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 3000, Sodium Citrate, Magnesium Chloride, AMP-PNP, pH 5.5, Microbatch, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 20 ℃ / pH: 7 / 手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	20 mM	Tris-HCl	1	1	pH7.0
2	100 mM		1	1		NaCl
3	12 mg/ml	protein	1	1
4	20 %	PEG3000	1	1
5	100 mM	Tris-HCl	1	2	pH7.0
6	200 mM		1	2		Ca(OAc)2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月31日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 153022 / Num. obs: 150115 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 4.1 / Observed criterion σ(I): 4.1 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 13432 / R_sym value: 0.413 / % possible all: 88.7
反射	PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 149698 / % possible obs: 96.1 % / Num. measured all: 2006747 / R_merge(I) obs*: 0.111
反射シェル	PLUS % possible obs: 88.9 % / R_merge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs*: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 8.174 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Bound nucleotide and MG2+ ions are assigned residue numbers 500 and 501. Residue G1 (NA ION) assigned as NA+ on the basis of coordination. Geometry, short hydrogen bond distances, and low ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26327	12535	8.4 %	RANDOM
R_work	0.21447	-	-	-
all	0.21854	150115	-	-
obs	0.21854	137434	98.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22053	0	193	811	23057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	22729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	1.982	30805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.249	3	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.603	15	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	3429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	16914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.272	0.3	11373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169		1962
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.291	0.3	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.272	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.735	1.5	13787
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.397	2	22497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.317	3	8942
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.849	4.5	8308
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.307	791
R_work	0.257	8944

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1283	-0.0593	0.0234	0.7211	0.1089	0.3938	-0.0303	-0.0138	-0.0194	-0.0166	0.0707	0.0005	-0.0958	-0.013	-0.0404	0.3555	0.0046	0.0258	0.3074	0.0074	0.3269	48.9394	38.3139	23.4422
2	2.8612	-0.2428	0.4455	2.2588	1.4704	3.798	0.1446	0.1101	-0.0633	0.2435	0.1955	-0.2157	0.2704	0.347	-0.34	0.2757	0.068	-0.0832	0.2997	-0.0781	0.312	73.0341	16.9634	44.227
3	1.4857	-0.4459	-0.3706	1.484	0.4504	1.7467	0.0025	-0.1996	-0.1694	0.1927	0.0715	0.1613	-0.0218	-0.2014	-0.074	0.3244	0.032	0.0518	0.3608	0.0689	0.3029	40.357	29.0794	49.8905
4	0.4391	0.0842	0.0459	1.0768	-0.0474	0.2619	0.0201	0.0094	-0.0557	0.0582	0.0962	-0.0703	0.0326	-0.0056	-0.1163	0.3056	0.0116	-0.0288	0.2812	0.0031	0.3623	52.6117	1.5366	25.1796
5	2.7359	2.0486	-0.4248	4.3386	-1.1169	2.4712	-0.1613	0.0657	-0.0424	-0.3977	0.1544	-0.0323	0.0172	-0.0004	0.007	0.313	-0.0171	0.0139	0.2759	0.0124	0.2693	38.492	23.4858	-2.6595
6	1.6321	0.1178	-0.2663	1.2672	-0.4598	0.9132	-0.0004	-0.0909	-0.103	0.0945	0.094	0.1508	-0.0693	-0.0926	-0.0937	0.2751	0.0082	0.0024	0.3079	0.0666	0.365	25.3967	9.121	25.6661
7	0.2531	0.0985	-0.3874	0.3492	-0.081	0.7633	-0.0555	-0.0549	-0.0059	0.0684	0.0558	0.0263	0.0429	0.1354	-0.0002	0.3145	0.0512	-0.0066	0.4061	0.0117	0.293	148.6915	46.147	43.0581
8	2.2705	0.0954	-1.0722	1.4593	-1.0951	2.8878	-0.0462	0.0015	-0.0684	-0.0607	-0.0853	-0.0139	0.1777	0.1144	0.1315	0.2905	0.0645	-0.0007	0.3109	-0.0021	0.2898	157.4891	27.0817	11.375
9	2.0351	0.6939	-0.4379	0.6963	0.1404	0.1778	0.0181	-0.0269	-0.0116	0.0744	-0.0669	0.1112	0.0222	0.0206	0.0488	0.3159	0.0107	0.0214	0.3278	0.0161	0.3378	126.5376	32.7397	27.8624
10	0.4071	-0.1462	0.0458	0.4277	-0.0786	0.6354	0.0062	-0.0064	-0.0183	-0.067	-0.0177	0.0077	-0.0274	0.0795	0.0115	0.3272	0.0242	-0.0243	0.3375	-0.0014	0.3061	149.0087	57.4523	7.6374
11	2.3417	-0.3646	1.1609	1.5167	0.1313	2.0852	-0.0266	-0.1517	0.0529	0.0028	0.0351	-0.0067	-0.1926	0.1415	-0.0085	0.3263	-0.0236	-0.0102	0.3314	-0.0611	0.2601	151.5591	77.6155	40.0348
12	1.7609	-0.4387	0.4255	0.85	-0.0703	1.6094	0.0119	-0.0542	-0.0638	0.0189	0.0495	0.0809	-0.0407	-0.1724	-0.0614	0.3101	0.0256	-0.0133	0.3446	0.0086	0.2886	124.8533	66.1872	21.1324
13	0.8641	-0.0256	0.2777	0.4351	0.1866	0.5058	0.062	0.1355	-0.0653	0.0189	0.0196	-0.005	0.011	0.0702	-0.0816	0.3322	0.0262	-0.0154	0.3279	-0.0137	0.3211	119.6947	35.7404	-32.0975
14	4.4131	-2.9668	0.4878	5.7435	0.3339	2.6045	0.2985	-0.1628	-0.3702	0.0705	0.0808	-0.2219	0.136	0.0875	-0.3793	0.2409	0.0386	-0.2283	0.1552	0.0146	0.4373	139.2867	13.8784	-7.5551
15	2.0442	-0.838	0.1236	1.8916	0.7674	0.9116	0.0052	-0.345	-0.1717	0.1624	0.0778	0.0735	0.0579	-0.0772	-0.083	0.3073	-0.0086	-0.0155	0.3644	0.0787	0.2863	110.775	33.1981	-4.9806
16	1.8314	0.9246	0.7705	0.7601	0.0951	1.1414	0.7314	0.0733	-0.7981	0.212	0.0082	-0.4615	0.5861	0.119	-0.7396	0.5795	0.02	-0.5386	0.0056	0.0105	0.7162	115.0182	0.5892	-22.9146
17	6.523	2.5525	-0.0349	1.5178	0.2438	2.0034	0.0811	1.118	-0.6969	0.0547	0.2312	-0.2114	-0.096	0.1077	-0.3124	0.25	0.0923	-0.0575	0.4763	-0.2373	0.2851	104.4745	19.4135	-54.5413
18	4.4682	0.6011	-0.7242	1.1986	-0.4575	2.9782	0.4724	-0.3212	-0.455	0.2709	-0.0096	-0.0184	0.2273	-0.3636	-0.4628	0.3838	-0.1396	-0.1724	0.2382	0.1628	0.3469	89.6417	12.9344	-24.1531

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 229	6 - 231
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	230 - 310	232 - 312
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	311 - 467	313 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	4 - 229	6 - 231
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	230 - 310	232 - 312
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	311 - 458	313 - 460
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	4 - 229	6 - 231
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	230 - 310	232 - 312
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	311 - 469	313 - 471
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	4 - 229	6 - 231
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	230 - 310	232 - 312
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	311 - 464	313 - 466
13	X-RAY DIFFRACTION	13	E	E	4 - 229	6 - 231
14	X-RAY DIFFRACTION	14	E	E	230 - 310	232 - 312
15	X-RAY DIFFRACTION	15	E	E	311 - 461	313 - 463
16	X-RAY DIFFRACTION	16	F	F	4 - 229	6 - 231
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	F	230 - 310	232 - 312
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	F	311 - 463	313 - 465

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / R_factor R_free: 0.263 / R_factor R_work: 0.214

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.423

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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