+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mwj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of a MUG-DNA pseudo substrate complex | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE/DNA / Rossmann Fold / non-hydrolysable DNA-complex / Uracil recognition. / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() double-stranded uracil-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barrett, T.E. / Scharer, O. / Savva, R. / Brown, T. / Jiricny, J. / Verdine, G.L. / Pearl, L.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of a thwarted mismatch glycosylase DNA repair complex 著者: Barrett, T.E. / Scharer, O. / Savva, R. / Brown, T. / Jiricny, J. / Verdine, G.L. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 300 | BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). The second strand of the DNA molecule is generated by applying symmetry operator 7_555 : y, x, -z, to DU and bases 8-12, and applying symmetry operator 7_554 : y, x, -1-z, to bases 1-6. |
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 54.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 36.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 370.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 372.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3665.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 18696.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A9H1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: PEG4000, Sodium Acetate, pH 4.6, Microbatch, temperature 289K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis / 詳細: Barrett, T.E., (1998) Cell., 92, 117. | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→20 Å / Num. all: 5478 / Num. obs: 5478 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 472 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 85.7 |
反射 | *PLUS Num. obs: 5479 / Rmerge(I) obs: 0.087 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Native MuG 解像度: 2.85→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1104323.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: NO ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESDUES 166 TO 168 RESIDUES A1, A109, A150 AND A151 WERE REFINED AS ALANINE
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.3 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→14.97 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 8
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.367 / Rfactor Rwork: 0.295 |