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- PDB-1mwj: Crystal Structure of a MUG-DNA pseudo substrate complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mwj
タイトルCrystal Structure of a MUG-DNA pseudo substrate complex
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*A*GP*(DU)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
  • G/U mismatch-specific DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / Rossmann Fold / non-hydrolysable DNA-complex / Uracil recognition. / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded uracil-DNA glycosylase / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G/U mismatch-specific DNA glycosylase MUG, bacterial / Uracil DNA glycosylase family 2 / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / G/U mismatch-specific DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Barrett, T.E. / Scharer, O. / Savva, R. / Brown, T. / Jiricny, J. / Verdine, G.L. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of a thwarted mismatch glycosylase DNA repair complex
著者: Barrett, T.E. / Scharer, O. / Savva, R. / Brown, T. / Jiricny, J. / Verdine, G.L. / Pearl, L.H.
履歴
登録2002年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 1.42024年2月14日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). The second strand of the DNA molecule is generated by applying symmetry operator 7_555 : y, x, -z, to DU and bases 8-12, and applying symmetry operator 7_554 : y, x, -1-z, to bases 1-6.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*A*GP*(DU)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
A: G/U mismatch-specific DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3622
ポリマ－22,3622
非ポリマー00
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.996, 101.996, 45.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*A*GP*(DU)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3665.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 G/U mismatch-specific DNA glycosylase / MUG DNA GLYCOSYLASE / Mismatch-specific uracil DNA-glycosylase / UDG


分子量: 18696.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MUG / プラスミド: pTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P0A9H1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: PEG4000, Sodium Acetate, pH 4.6, Microbatch, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2Sodium Acetate11
3Sodium Acetate12
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / 詳細: Barrett, T.E., (1998) Cell., 92, 117.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-ID化学式詳細Sol-ID
110 mM1MgCl2
220 mMTris-HCl1pH8.0
38 %PEG40001
40.1 Msodium acetate1pH4.62

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→20 Å / Num. all: 5478 / Num. obs: 5478 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.3 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.85→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 472 / Rsym value: 0.263 / % possible all: 85.7
反射
*PLUS
Num. obs: 5479 / Rmerge(I) obs: 0.087
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.7 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native MuG

解像度: 2.85→14.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 1104323.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NO ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESDUES 166 TO 168 RESIDUES A1, A109, A150 AND A151 WERE REFINED AS ALANINE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 237 4.5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.23 5478 --
obs0.23 5254 94.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→14.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 243 0 58 1576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d24
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it2.471.5
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it4.012
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it5.672.5
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 18 4 %
Rwork0.295 452 -
obs--85.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA2.PARDNA2.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: XPLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.17
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.367 / Rfactor Rwork: 0.295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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