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万見
- PDB-1mwi: Crystal structure of a MUG-DNA product complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mwi
タイトルCrystal structure of a MUG-DNA product complex
要素
  • 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*GP*(AAB)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
  • G/U mismatch-specific DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA-glycosylase / nucleotide flipping / abasic site / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded uracil-DNA glycosylase / G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase activity / pyrimidine-specific mismatch base pair DNA N-glycosylase activity / base-excision repair, AP site formation / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
G/U mismatch-specific DNA glycosylase MUG, bacterial / Uracil DNA glycosylase family 2 / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / G/U mismatch-specific DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Barrett, T.E. / Savva, R. / Panayotou, G. / Brown, T. / Barlow, T. / Jiricny, J. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of a G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase: mismatch recognition by complementary-strand interactions.
著者: Barrett, T.E. / Savva, R. / Panayotou, G. / Barlow, T. / Brown, T. / Jiricny, J. / Pearl, L.H.
履歴
登録2002年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年7月9日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 300BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). The second strand of the DNA molecule is generated by applying symmetry operator 7_556 : y, x, 1-z, to D1P and bases 8-12, and applying symmetry operator 7_557 : y, x, 2-z, to bases 1-6.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*GP*(AAB)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'
A: G/U mismatch-specific DNA glycosylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2682
ポリマ－22,2682
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.350, 101.350, 45.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細One asymmetric unit consists of a single protein molecule and 1 strand of DNA. The second strand is generated by x,y,-z (translation 0,0,1) applied to APR,THY,CYT,GUA, CYT,GUA and x,y,-z (translation 0,0,2) applied to the remaining nucleic acids.

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*CP*GP*AP*GP*(AAB)P*TP*CP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3571.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 G/U mismatch-specific DNA glycosylase / MUG DNA GLYCOSYLASE / Mismatch-specific uracil DNA-glycosylase / UDG


分子量: 18696.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: MUG / プラスミド: pTRC99A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: P0A9H1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, Sodium acetate,, pH 4.6, Microbatch, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Sodium acetate11
3Sodium acetate12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年8月15日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.488 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→20 Å / Num. obs: 10144 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.35→2.55 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Native MUG

解像度: 2.35→14.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Data cutoff high absF: 1604690.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: NO ELECTRON DENSITY IS OBSERVED FOR RESDUES 166 TO 168. RESIDUES A1, A109, A150 AND A151 WERE REFINED AS ALANINE. D1P CORRESPONDS TO AN ABASIC SITE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 477 4.8 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.2482 10144 --
obs0.2482 9878 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.37 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→14.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 236 0 122 1629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.621.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.532
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it3.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it4.82.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 64 5.3 %
Rwork0.28 1102 -
obs--95.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA2.PARDNA2.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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