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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mwe | |||||||||
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タイトル | THE X-RAY STRUCTURE OF A COMPLEX OF TERN N9 INFLUENZA VIRUS NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH SIALIC ACID AT 4 DEGREES C REVEALING A SECOND SIALIC ACID BINDING SITE | |||||||||
要素 | NEURAMINIDASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / NEURAMINIDASE / AVIAN INFLUENZA / SIALIC ACID BINDING / HEMAGGLUTINATION SITE / HEME ABSORBING SITE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Varghese, J.N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: Structural evidence for a second sialic acid binding site in avian influenza virus neuraminidases. 著者: Varghese, J.N. / Colman, P.M. / van Donkelaar, A. / Blick, T.J. / Sahasrabudhe, A. / McKimm-Breschkin, J.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mwe.cif.gz | 106.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mwe.ent.gz | 80.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mwe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mwe_validation.pdf.gz | 640.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mwe_full_validation.pdf.gz | 650.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mwe_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mwe_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/1mwe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 43723.770 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 82 - 468 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: DETERGENT RELEASED, PRONASE DIGESTED 由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 属: Influenzavirus A / 株: A/TERN/AUSTRALIA/G70C/75 / 参照: UniProt: P03472, exo-alpha-sialidase |
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-糖 , 3種, 6分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
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#3: 糖 | #4: 糖 | |
-非ポリマー , 2種, 398分子
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | TERN N9 NEURAMINIDASE COMPLEXED WITH SIALIC ACID AT 4DEG C. THIS STRUCTURE REFERS TO THE DISCOVERY ...TERN N9 NEURAMINID |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.9 / 詳細: 1.9M PHOSPHATE (PH 5.9) | ||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 6.6 / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Laver, W.G., (1984) Virology, 137, 314. | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 106 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE M18X / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年1月1日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→100 Å / Num. obs: 291377 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.07 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / % possible all: 91.8 |
反射 | *PLUS Num. obs: 45647 / Num. measured all: 291377 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: TERN N9 NEURAMINIDASE 解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 1 /
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 91.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.178 / Rfactor Rfree: 0.205 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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