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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mvl | ||||||
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タイトル | PPC decarboxylase mutant C175S | ||||||
要素 | PPC decarboxylase AtHAL3a | ||||||
キーワード | LYASE / Flavoprotein / PPC decarboxylase / active site mutant C175S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / hyperosmotic salinity response / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Steinbacher, S. / Hernandez-Acosta, P. / Bieseler, B. / Blaesse, M. / Huber, R. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003 タイトル: Crystal Structure of the Plant PPC Decarboxylase AtHAL3a Complexed with an Ene-thiol Reaction Intermediate 著者: Steinbacher, S. / Hernandez-Acosta, P. / Bieseler, B. / Blaesse, M. / Huber, R. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Arabidopsis thaliana flavoprotein AtHAL3a catalyzes the decarboxylation of 4'-phosphopantothenoylcysteine to 4'-phosphopantetheine, a key step in coenzyme A biosynthesis 著者: Kupke, T. / Hernandez-Acosta, P. / Steinbacher, S. / Culianez-Macia, F.A. #2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002 タイトル: Molecular characterization of the Arabidopsis thaliana flavoprotein AtHAL3a reveals the general reaction mechanism of 4'-phosphopantothenoylcysteine decarboxylases 著者: Hernandez-Acosta, P. / Schmid, D.G. / Jung, G. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T. #3: ジャーナル: Plant J. / 年: 1999 タイトル: Arabidopsis thaliana AtHal3: a flavoprotein related to salt and osmotic tolerance and plant growth 著者: Espinosa-Ruiz, A. / Belles, J.M. / Serrano, R. / Culianez-Macia, F.A. #4: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: The X-ray structure of the FMN-binding protein AtHal3 provides the structural basis for the activity of a regulatory subunit involved in signal transduction 著者: Albert, A. / Martinez-Ripoll, M. / Espinosa-Ruiz, A. / Yenush, L. / Culianez-Macia, F.A. / Serrano, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mvl.cif.gz | 54.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mvl.ent.gz | 37.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mvl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mvl_validation.pdf.gz | 771.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mvl_full_validation.pdf.gz | 773.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mvl_validation.xml.gz | 11.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mvl_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/1mvl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/1mvl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the three-fold axis |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23364.775 Da / 分子数: 1 / 変異: C175S / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9SWE5, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: ammonium sulphate, imidazole, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月26日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 15995 / Num. obs: 15995 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 98.4 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1E20 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→20 Å /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |