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万見
- PDB-1mvl: PPC decarboxylase mutant C175S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mvl
タイトルPPC decarboxylase mutant C175S
要素PPC decarboxylase AtHAL3a
キーワードLYASE / Flavoprotein / PPC decarboxylase / active site mutant C175S
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphopantothenoylcysteine decarboxylase / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / hyperosmotic salinity response / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding
類似検索 - 分子機能
Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Steinbacher, S. / Hernandez-Acosta, P. / Bieseler, B. / Blaesse, M. / Huber, R. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal Structure of the Plant PPC Decarboxylase AtHAL3a Complexed with an Ene-thiol Reaction Intermediate
著者: Steinbacher, S. / Hernandez-Acosta, P. / Bieseler, B. / Blaesse, M. / Huber, R. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Arabidopsis thaliana flavoprotein AtHAL3a catalyzes the decarboxylation of 4'-phosphopantothenoylcysteine to 4'-phosphopantetheine, a key step in coenzyme A biosynthesis
著者: Kupke, T. / Hernandez-Acosta, P. / Steinbacher, S. / Culianez-Macia, F.A.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Molecular characterization of the Arabidopsis thaliana flavoprotein AtHAL3a reveals the general reaction mechanism of 4'-phosphopantothenoylcysteine decarboxylases
著者: Hernandez-Acosta, P. / Schmid, D.G. / Jung, G. / Culianez-Macia, F.A. / Kupke, T.
#3: ジャーナル: Plant J. / 年: 1999
タイトル: Arabidopsis thaliana AtHal3: a flavoprotein related to salt and osmotic tolerance and plant growth
著者: Espinosa-Ruiz, A. / Belles, J.M. / Serrano, R. / Culianez-Macia, F.A.
#4: ジャーナル: Structure / 年: 2000
タイトル: The X-ray structure of the FMN-binding protein AtHal3 provides the structural basis for the activity of a regulatory subunit involved in signal transduction
著者: Albert, A. / Martinez-Ripoll, M. / Espinosa-Ruiz, A. / Yenush, L. / Culianez-Macia, F.A. / Serrano, R.
履歴
登録2002年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPC decarboxylase AtHAL3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8212
ポリマ－23,3651
非ポリマー4561
水3,153175
1
A: PPC decarboxylase AtHAL3a
ヘテロ分子

A: PPC decarboxylase AtHAL3a
ヘテロ分子

A: PPC decarboxylase AtHAL3a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,4636
ポリマ－70,0943
非ポリマー1,3693
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.790, 111.790, 32.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細The biological assembly is a trimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the three-fold axis

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要素

#1: タンパク質 PPC decarboxylase AtHAL3a / Halotolerance protein Hal3a


分子量: 23364.775 Da / 分子数: 1 / 変異: C175S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SWE5, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: ammonium sulphate, imidazole, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1droppH7.5
31.4 Mammonium sulfate1reservoir
4100 mMimidazole-HCl1reservoirpH6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 15995 / Num. obs: 15995 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / % possible all: 98.4
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.22

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1E20

1e20


解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2025 781 -random
Rwork0.1693 ---
all0.1702 15987 --
obs0.1702 15987 98.2 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.106 Å20.405 Å20 Å2
2--5.106 Å20 Å2
3----10.211 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1364 0 31 175 1570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.53
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.4371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.4822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.6582.5
LS精密化 シェル解像度: 2→20 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.2025 781
Rwork0.1693 -
obs-15987
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5fmn.param
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.203 / Rfactor Rwork: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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