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万見
- PDB-1mt0: ATP-binding domain of hemolysin B from Escherichia coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mt0
タイトルATP-binding domain of hemolysin B from Escherichia coli
要素Hemolysin secretion ATP-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC-transporter / ATP-binding domain / Hemolysin B / ATP-dependent transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


type I protein secretion system complex / protein secretion by the type I secretion system / ABC-type oligopeptide transporter activity / peptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily ...ATPase, type I secretion system, HlyB / Peptidase C39-like A / Peptidase family C39 domain profile. / Peptidase C39 family / Peptidase C39, bacteriocin processing / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-hemolysin translocation ATP-binding protein HlyB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schmitt, L. / Benabdelhak, H. / Blight, M.A. / Holland, I.B. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of the nucleotide binding domain of the ABC-transporter hemolysin B: identification of a variable region within ABC helical domains
著者: Schmitt, L. / Benabdelhak, H. / Blight, M.A. / Holland, I.B. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2002年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin secretion ATP-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0202
ポリマ－26,9241
非ポリマー961
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.2, 105.2, 125.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin secretion ATP-binding protein


分子量: 26923.967 Da / 分子数: 1 / 断片: ATP-binding domain (residues 467-707) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: HLYB / プラスミド: pPSG116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5 alpha / 参照: UniProt: P08716
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶化温度: 277 K / pH: 6.25
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, (2-acetamido)iminodiacetic acid, sodium phosphate, potassium chloride, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 277 K / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
210 mMsodium phosphate1droppH8.0
3100 mM1dropKCl
450 mMATP1droppH7.0
5150 mMdiamino acetic acid1reservoirpH6.2
616 %(w/v)PEG80001reservoir
7300 mMammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.005
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年9月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
2MADMx-ray1
1MADMx-ray1
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 54.2 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.349 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→16.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 1429357.04 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 2142 9.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 21577 97.3 %-
all-23587 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.5621 Å2 / ksol: 0.317979 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.79 Å20 Å20 Å2
2--9.79 Å20 Å2
3----19.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.59 Å0.57 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→16.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1893 0 5 130 2028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.382
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it12.562.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 373 10.3 %
Rwork0.411 3244 -
obs--99.6 %
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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