[日本語] English
万見
- PDB-1msp: MAJOR SPERM PROTEIN, ALPHA ISOFORM (RECOMBINANT), PH 4.6 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1msp
タイトルMAJOR SPERM PROTEIN, ALPHA ISOFORM (RECOMBINANT), PH 4.6
要素MAJOR SPERM PROTEIN
キーワードCELL MOTILITY PROTEIN / CYTOSKELETAL PROTEIN / SPERM
機能・相同性
機能・相同性情報


pseudopodium / cytoskeleton / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Major sperm protein (MSP) domain / MSP (Major sperm protein) domain / Major sperm protein (MSP) domain profile. / PapD-like superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major sperm protein isoform alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bullock, T.L. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: 2.5 A resolution crystal structure of the motile major sperm protein (MSP) of Ascaris suum.
著者: Bullock, T.L. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: Worm Sperm and Advances in Cell Locomotion
著者: Theriot, J.A.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: New Crystal Forms of the Motile Major Sperm Protein (Msp) of Ascaris Suum
著者: Bullock, T.L. / Parthasarathy, G. / King, K.L. / Kent, H.M. / Roberts, T.M. / Stewart, M.
#3: ジャーナル: Curr.Opin.Cell Biol. / 年: 1995
タイトル: Nematode Sperm Locomotion
著者: Roberts, T.M. / Stewart, M.
履歴
登録1996年5月20日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAJOR SPERM PROTEIN
B: MAJOR SPERM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5562
ポリマ－28,5562
非ポリマー00
水1,33374
1
A: MAJOR SPERM PROTEIN
B: MAJOR SPERM PROTEIN

A: MAJOR SPERM PROTEIN
B: MAJOR SPERM PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1124
ポリマ－57,1124
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)215.360, 38.480, 32.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 MAJOR SPERM PROTEIN / MSP


分子量: 14278.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ALPHA ISOFORM, PH 4.6 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / Cell: SPERM CELL / 遺伝子: ALPHA MSP / プラスミド: PET11D / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): ALPHA MSP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27439
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: pH 4.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
111 %(w/v)PEG80001reservoir
22 %satammonium sulfate1reservoir
350 mMammonium acetate1reservoir

-
データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 8858 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 21 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
MOSFLMデータ削減
精密化解像度: 2.5→20 Å / Num. reflection obs: 8478 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1857 0 0 74 1931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.683
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21.8315
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 21 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.195 / Rfactor Rfree: 0.292
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg21.8315
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0110.02

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る