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- PDB-1msc: CRYSTAL STRUCTURE OF MS2 COAT PROTEIN DIMER -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1msc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF MS2 COAT PROTEIN DIMER
要素BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / TRANSLATION REPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
MS2 Viral Coat Protein / MS2 Viral Coat Protein / Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ni, C.-Z. / Kodandapani, R. / Ely, K.R.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1995
タイトル: Crystal structure of the MS2 coat protein dimer: implications for RNA binding and virus assembly.
著者: Ni, C.Z. / Syed, R. / Kodandapani, R. / Wickersham, J. / Peabody, D.S. / Ely, K.R.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization of the MS2 Translational Repressor Alone and Complexed to Bromouridine
著者: Ni, C.-Z. / Hettinga, B.S. / Wickersham, J. / Mitchell, R.S. / Williamson, M.M. / Celikel, R. / Prange, T. / Fourme, R. / Krapcho, K.J. / Thulin, C. / Talbot, P. / Gesteland, R.F. / Ely, K.R.
履歴
登録1995年4月28日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7091
ポリマ－13,7091
非ポリマー00
水2,000111
1
A: BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN

A: BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4192
ポリマ－27,4192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12510 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.200, 55.700, 28.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 BACTERIOPHAGE MS2 COAT PROTEIN


分子量: 13709.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
属: Levivirus / 生物種: Enterobacteria phage MS2 / 遺伝子: MS2 COAT GENE / 遺伝子 (発現宿主): MS2 COAT GENE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03612
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化詳細: COMPND MOLECULE: MS2 UNASSEMBLED COAT PROTEIN DIMER. THIS BACTERIOPHAGE COAT PROTEIN WAS CRYSTALLIZED AS AN UNASSEMBLED DIMER; IT DID NOT FORM VIRAL CAPSIDS.
結晶化
*PLUS
pH: 6.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG80001drop
23 mg/mlprotein1drop
3100 mMcitrate-phosphate1reservoir

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データ収集

検出器日付: 1993年12月7日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.03→55 Å / Num. obs: 7447 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.031
反射
*PLUS
Num. measured all: 23935 / Rmerge(I) obs: 0.031
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.03 Å / 最低解像度: 2.19 Å / % possible obs: 65 % / Num. unique obs: 1033 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Mean I/σ(I) obs: 5.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROLSQ精密化
XENGEN(HOWARDデータ削減
NIELSENデータ削減
XUONG)データ削減
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
obs0.2 6668 90 %
原子変位パラメータBiso mean: 34.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 0 0 111 1073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0210.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0660.045
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0510.035
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2390.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2920.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2870.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.85
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.120
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor42.120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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