+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mr8 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | MIGRATION INHIBITORY FACTOR-RELATED PROTEIN 8 FROM HUMAN | ||||||
![]() | MIGRATION INHIBITORY FACTOR-RELATED PROTEIN 8 | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / CALCIUM-BINDING PROTEIN / MAD / MIGRATION INHIBITORY FACTOR_ RELATED PROTEIN 8 / S100 PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / Metal sequestration by antimicrobial proteins / peptide secretion / leukocyte migration involved in inflammatory response ...sequestering of zinc ion / calprotectin complex / neutrophil aggregation / positive regulation of peptide secretion / autocrine signaling / Toll-like receptor 4 binding / chronic inflammatory response / Metal sequestration by antimicrobial proteins / peptide secretion / leukocyte migration involved in inflammatory response / RAGE receptor binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / astrocyte development / MyD88 deficiency (TLR2/4) / arachidonic acid binding / intermediate filament cytoskeleton / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / regulation of toll-like receptor signaling pathway / response to zinc ion / regulation of cytoskeleton organization / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / defense response to fungus / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / neutrophil chemotaxis / autophagy / positive regulation of inflammatory response / calcium-dependent protein binding / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ER-Phagosome pathway / positive regulation of cell growth / microtubule binding / secretory granule lumen / response to ethanol / collagen-containing extracellular matrix / response to lipopolysaccharide / cytoskeleton / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ishikawa, K. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Nishihira, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of human MRP8, a member of the S100 calcium-binding protein family, by MAD phasing at 1.9 A resolution. 著者: Ishikawa, K. / Nakagawa, A. / Tanaka, I. / Suzuki, M. / Nishihira, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 37.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 421.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.910629, 0.412598, -0.022762), ベクター: |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10853.528 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % 解説: INITIAL DENSITY WAS OBTAINED BY THE MAD USING YTTERBIUM DERIVATIVE, THEN REFINED NATIVE STRUCUURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 6.2 詳細: 15%(W/V) PEG6000, 0.1M MES, 0.1M MES PH 6.2, 20MM CACL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→37 Å / Num. obs: 97834 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 96.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 16285 / Num. measured all: 97834 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 88.5 % / Num. unique obs: 2129 / Num. measured obs: 10549 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 26.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.29 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.266 |