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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mqv | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Q1A/F32W/W72F mutant of Rhodopseudomonas palustris cytochrome c' (prime) expressed in E. coli | |||||||||
要素 | CYTOCHROME C' | |||||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Four-Helix Bundle | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee, J.C. / Engman, K.C. / Tezcan, F.A. / Gray, H.B. / Winkler, J.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: Structural Features of Cytochrome c' Folding Intermediates Revealed by Fluorescence Energy-Transfer Kinetics 著者: Lee, J.C. / Engman, K.C. / Tezcan, F.A. / Gray, H.B. / Winkler, J.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1mqv.cif.gz | 62.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1mqv.ent.gz | 49.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1mqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1mqv_validation.pdf.gz | 533.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1mqv_full_validation.pdf.gz | 539.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1mqv_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1mqv_validation.cif.gz | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/1mqv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1a7vS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13095.089 Da / 分子数: 2 / 変異: Q1A, F32W, W72F / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The protein is in the OXIDIZED (FE(III)) STATE. 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00149 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG6000, sodium chloride, MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年3月24日 |
放射 | モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.78→50 Å / Num. all: 23685 / Num. obs: 23607 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 24.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.78→1.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.487 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 99.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1A7V 解像度: 1.78→42 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.78→42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.78→1.84 Å / Rfactor Rfree error: 0.043
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 42 Å / Rfactor Rwork: 0.211 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |