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- PDB-1mq7: CRYSTAL STRUCTURE OF DUTPASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (RV2697C) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mq7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DUTPASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (RV2697C)
要素DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
キーワードHYDROLASE / jelly-roll / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Chan, S. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Heike, K. / Cho, U.S. / Naranjo, C. / Perry, L.J. / Yeates, T.O. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis dUTPase: insights into the catalytic mechanism.
著者: Chan, S. / Segelke, B. / Lekin, T. / Krupka, H. / Cho, U.S. / Kim, M.-Y. / So, M. / Kim, C.-Y. / Naranjo, C.M. / Rogers, Y.C. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Pashkov, I. / Cascio, D. / Perry, J.L. / Sawaya, M.R.
#1: ジャーナル: STRUCTURE / 年: 1996
タイトル: HUMAN DUTP PYROPHOSPHATASE: URACIL RECOGNITION BY A BETA HAIRPIN AND ACTIVE SITES FORMED BY THREE SEPARATE SUBUNITS
著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / Mclntosh, E.M. / Tainer, J.A.
履歴
登録2002年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0653
ポリマ－15,8211
非ポリマー2442
水2,432135
1
A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子

A: DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1969
ポリマ－47,4633
非ポリマー7336
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area10280 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)98.823, 98.823, 98.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-155-

TRS

21A-155-

TRS

31A-156-

TRS

41A-156-

TRS

51A-200-

HOH

61A-251-

HOH

詳細The biological assembly is a trimer that is generated by the following crystallographic symmetry operators -y+1, -z+1, x and z, -x+1, -y+1

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要素

#1: タンパク質 DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 15820.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv2697c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A552, UniProt: P9WNS5*PLUS, dUTP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, EDTA, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
160 mg/mlprotein1drop
216 %(w/v)PEG40001reservoir
30.13 mMEDTA1reservoir
40.1 MTris-HCl1reservoirpH8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月23日
放射モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→31.25 Å / Num. all: 11317 / Num. obs: 11317 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 62.7
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique all: 1172 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. obs: 11592 / Num. measured all: 208809 / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUD

1dud


解像度: 1.95→31.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 1170 10.3 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.1999 11317 --
obs0.197 11317 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1896 Å2 / ksol: 0.366749 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 31.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.26 Å / Luzzati sigma a free: 0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数985 0 8 135 1128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 202 10.9 %
Rwork0.231 1646 -
obs--95.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3TRS.PARAMTRS.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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