+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mq7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF DUTPASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (RV2697C) | ||||||
![]() | DEOXYURIDINE 5'-TRIPHOSPHATE NUCLEOTIDOHYDROLASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / jelly-roll / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUTP metabolic process / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sawaya, M.R. / Chan, S. / Segelke, B.W. / Lekin, T. / Heike, K. / Cho, U.S. / Naranjo, C. / Perry, L.J. / Yeates, T.O. / Eisenberg, D. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis dUTPase: insights into the catalytic mechanism. 著者: Chan, S. / Segelke, B. / Lekin, T. / Krupka, H. / Cho, U.S. / Kim, M.-Y. / So, M. / Kim, C.-Y. / Naranjo, C.M. / Rogers, Y.C. / Park, M.S. / Waldo, G.S. / Pashkov, I. / Cascio, D. / Perry, J.L. / Sawaya, M.R. #1: ![]() タイトル: HUMAN DUTP PYROPHOSPHATASE: URACIL RECOGNITION BY A BETA HAIRPIN AND ACTIVE SITES FORMED BY THREE SEPARATE SUBUNITS 著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / Mclntosh, E.M. / Tainer, J.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 28.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 436.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| |||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||||||||
詳細 | The biological assembly is a trimer that is generated by the following crystallographic symmetry operators -y+1, -z+1, x and z, -x+1, -y+1 |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15820.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: Rv2697c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A552, UniProt: P9WNS5*PLUS, dUTP diphosphatase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, EDTA, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月23日 |
放射 | モノクロメーター: Si (220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→31.25 Å / Num. all: 11317 / Num. obs: 11317 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 62.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / Num. unique all: 1172 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. obs: 11592 / Num. measured all: 208809 / Rmerge(I) obs: 0.078 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 13.5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1DUD 解像度: 1.95→31.25 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1896 Å2 / ksol: 0.366749 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.8 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.26 Å / Luzzati sigma a free: 0.14 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.25 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|