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- PDB-1mpx: ALPHA-AMINO ACID ESTER HYDROLASE LABELED WITH SELENOMETHIONINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpx
タイトルALPHA-AMINO ACID ESTER HYDROLASE LABELED WITH SELENOMETHIONINE
要素alpha-amino acid ester hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / jellyroll / selenomethionine
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amino-acid esterase / alpha-amino-acid esterase activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / glycogen biosynthetic process / dipeptidyl-peptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Glycogen synthase ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / : / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Glycogen synthase / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amino acid ester hydrolase / Glutaryl-7-ACA acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M.H. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The sequence and crystal structure of the alpha-amino acid ester hydrolase from Xanthomonas citri define a new family of beta-lactam antibiotic acylases.
著者: Barends, T.R. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2002年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-amino acid ester hydrolase
B: alpha-amino acid ester hydrolase
C: alpha-amino acid ester hydrolase
D: alpha-amino acid ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,60318
ポリマ－278,5224
非ポリマー1,08114
水40,4622246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17590 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area81690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.772, 126.016, 132.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains the biological tetramer

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要素

#1: タンパク質
alpha-amino acid ester hydrolase


分子量: 69630.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / プラスミド: pXc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)
参照: UniProt: Q8PK36, UniProt: Q6YBS3*PLUS, alpha-amino-acid esterase
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / 参照: alpha-amino-acid esterase
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / 参照: alpha-amino-acid esterase
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O / 参照: alpha-amino-acid esterase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 8000, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
15 mg/mlprotein1drop
220 mMcacodylate1droppH6.5
312-15 %PEG80001reservoir
40.1 Mcacodylate1reservoirpH6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8459, 0.9779, 0.9783, 0.9392
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月3日 / 詳細: premirror, triangular monochromator, bent mirror
放射モノクロメーター: triangular / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.84591
20.97791
30.97831
40.93921
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 220969 / Num. obs: 220969 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 95.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 1307283
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.1.19精密化
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.65 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17802 11118 5 %RANDOM
Rwork0.1488 ---
all0.15027 209646 --
obs0.15027 209646 95.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.796 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å2-0.13 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19392 0 64 2246 21702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02120058
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0217546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.9427338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.713340910
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.71252452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.22832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0222556
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.33857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2210.321151
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.510952
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.52949
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1030.519
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0790.39
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.370
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1220.540
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5521.512296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.377219872
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.72137762
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.4634.57466
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 848
Rwork0.211 15490
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 129 Å / Rfactor Rfree: 0.178 / Rfactor Rwork: 0.149
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.143

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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