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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mpx | ||||||
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タイトル | ALPHA-AMINO ACID ESTER HYDROLASE LABELED WITH SELENOMETHIONINE | ||||||
![]() | alpha-amino acid ester hydrolase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barends, T.R.M. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M.H. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The sequence and crystal structure of the alpha-amino acid ester hydrolase from Xanthomonas citri define a new family of beta-lactam antibiotic acylases. 著者: Barends, T.R. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Hensgens, C.M. / de Vries, E.J. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 531 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 449.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains the biological tetramer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 69630.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8PK36, UniProt: Q6YBS3*PLUS, ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化![]() | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 8000, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年11月3日 / 詳細: premirror, triangular monochromator, bent mirror | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: triangular / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 220969 / Num. obs: 220969 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.055 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.21 / % possible all: 95.8 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 1307283 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.8 % / Rmerge(I) obs: 0.21 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.796 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 129 Å / Rfactor Rfree![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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