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- PDB-1mpf: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ALTERATIONS OF A COLICIN RESISTANT MUTA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mpf
タイトルSTRUCTURAL AND FUNCTIONAL ALTERATIONS OF A COLICIN RESISTANT MUTANT OF OMPF-PORIN FROM ESCHERICHIA COLI
要素MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport ...colicin transmembrane transporter activity / monoatomic ion channel complex / porin activity / pore complex / protein homotrimerization / monoatomic ion transmembrane transport / lipopolysaccharide binding / cell outer membrane / disordered domain specific binding / protein transport / monoatomic ion channel activity / lipid binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Porin, gammaproteobacterial / Porin, Gram-negative type, conserved site / General diffusion Gram-negative porins signature. / Porin domain, Gram-negative type / Gram-negative porin / Porin, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane porin F
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Schirmer, T.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Structural and functional alterations of a colicin-resistant mutant of OmpF porin from Escherichia coli.
著者: Jeanteur, D. / Schirmer, T. / Fourel, D. / Simonet, V. / Rummel, G. / Widmer, C. / Rosenbusch, J.P. / Pattus, F. / Pages, J.M.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1992
タイトル: Crystal Structures Explain Functional Properties of Two E. Coli Porins
著者: Cowan, S.W. / Schirmer, T. / Rummel, G. / Steiert, M. / Ghosh, R. / Pauptit, R.A. / Jansonius, J.N. / Rosenbusch, J.P.
履歴
登録1994年8月10日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE ...SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS *A1* AND *A2* ARE DEFINED. STRANDS 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14 AND 15 ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,85013
ポリマ－37,1721
非ポリマー3,67712
水2,342130
1
A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子

A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子

A: MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,54939
ポリマ－111,5173
非ポリマー11,03236
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area15450 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area43550 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)117.900, 117.900, 52.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Atom site foot note1: RESIDUE 27 COULD NOT BE MODELED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND IS INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE.
2: HET RESIDUES 341 - 354 HAVE NOT BEEN IDENTIFIED UNAMBIGOUSLY AND HAVE BEEN MODELED AS FRAGMENTS OF THE DETERGENT OCTYL-TETRAOXYETHYLENE (ABBREVIATED C8E).

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要素

#1: タンパク質 MATRIX PORIN OUTER MEMBRANE PROTEIN F


分子量: 37172.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02931
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル


分子量: 306.438 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.83 %
結晶化
*PLUS
pH: 9.8 / 手法: microdialysis / 詳細: Pauptit, R. A., (1991) J. Mol. Biol., 218, 505.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
20.05 MTris-HCl1reservoir
30.6 %(w/w)n-octyl-2-hydroxyethylsulfoxide1reservoir
40.1 %octylPOE1reservoir
50.7 M1reservoirMgCl2
66 %(w/w)PEG20001reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 7337 / % possible obs: 84.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3→8 Å
詳細: NO INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT; B-FACTORS OF THE MUTATED RESIDUE ASP 119 WERE MANUALLY SET TO 45 A**2 ACCORDING TO DIFFERENCE-FOURIER DENSITY. ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ...詳細: NO INDIVIDUAL B-FACTOR REFINEMENT; B-FACTORS OF THE MUTATED RESIDUE ASP 119 WERE MANUALLY SET TO 45 A**2 ACCORDING TO DIFFERENCE-FOURIER DENSITY. ATOMS THAT ARE NOT WELL DEFINED DUE TO POOR ELECTRON DENSITY HAVE AN OCCUPANCY OF ZERO. RESIDUE 27 COULD NOT BE MODELED DUE TO WEAK OR NONEXISTENT ELECTRON DENSITY AND IS INCLUDED IN THE MODEL IN AN ARBITRARY CONFORMATION ONLY FOR CONVENIENCE. HET RESIDUES 341 - 354 HAVE NOT BEEN IDENTIFIED UNAMBIGOUSLY AND HAVE BEEN MODELED AS FRAGMENTS OF THE DETERGENT OCTYL- TETRAOXYETHYLENE (ABBREVIATED C8E).
Rfactor反射数
Rwork0.166 -
obs0.166 6915
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2631 0 72 130 2833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.166 / Rfactor Rwork: 0.166
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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