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- PDB-1mok: NADPH DEPENDENT 2-KETOPROPYL COENZYME M OXIDOREDUCTASE/CARBOXYLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mok
タイトルNADPH DEPENDENT 2-KETOPROPYL COENZYME M OXIDOREDUCTASE/CARBOXYLASE
要素orf3
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nucleotide binding motifs / Nucleotide binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating) / 2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating) activity / propylene catabolic process
類似検索 - 分子機能
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / 2-oxopropyl-CoM reductase, carboxylating
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nocek, B. / Jang, S.B. / Jeong, M.S. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Structural Basis for CO2 Fixation by a Novel Member of the Disulfide Oxidoreductase Family of Enzymes, 2-Ketopropyl Coenzyme M Oxidoreductase/Carboxylase
著者: Nocek, B. / Jang, S.B. / Jeong, M.S. / Clark, D.D. / Ensign, S.A. / Peters, J.W.
履歴
登録2002年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: orf3
B: orf3
C: orf3
D: orf3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,8008
ポリマ－229,6574
非ポリマー3,1424
水00
1
A: orf3
B: orf3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4004
ポリマ－114,8292
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11580 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area35220 Å2
手法PISA
2
C: orf3
D: orf3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,4004
ポリマ－114,8292
非ポリマー1,5712
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11530 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area35230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.600, 87.500, 100.700
Angle α, β, γ (deg.)72.00, 73.40, 69.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
orf3 / 2-Ketopropyl Coenzyme M Oxidoreductase/Carboxylase


分子量: 57414.348 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
株: Py2
参照: UniProt: Q56839, 2-oxopropyl-CoM reductase (carboxylating)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.17M ammonium acetate, 0.085M Tris-HCl pH 8.5, 25.5% PEG 4000, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 5.6 / 詳細: Jang, S.B., (2001) Acta Crystallogr., D57, 445.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 mg/mlprotein1drop
210 mM2-KPCC1drop
30.17 Mammonium acetate1reservoir
40.085 Mtrisodium citrate dihydrate1reservoirpH5.6
525.5 %(w/v)PEG40001reservoir
615 %(v/v)glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.78 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月19日 / 詳細: flat mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.78 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→20 Å / Num. all: 41494 / Num. obs: 41494 / Observed criterion σ(I): 0.5
反射
*PLUS
Num. obs: 48234 / % possible obs: 92.1 % / Num. measured all: 213523 / Rmerge(I) obs: 0.098

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MO9

1mo9


解像度: 2.8→19.99 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.277 1930 RANDOM
Rwork0.225 --
all0.24 41494 -
obs0.238 38841 -
原子変位パラメータBiso mean: 35.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.63 Å2-5.7 Å2-2.1 Å2
2---5.16 Å2-4.88 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16092 0 212 0 16304
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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