[日本語] English
万見
- PDB-1moe: The three-dimensional structure of an engineered scFv T84.66 dime... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1moe
タイトルThe three-dimensional structure of an engineered scFv T84.66 dimer or diabody in VL to VH linkage.
要素anti-CEA mAb T84.66
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti carcinoembryonic antigen / T84.66 / diabody / dimer / scFv / variable domain
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / immune response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ig kappa chain V-III region PC 3741/TEPC 111 / V(H) region of G5 Bb 2.2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Carmichael, J.A. / Power, B.E. / Garrett, T.P.J. / Yazaki, P.J. / Shively, J.E. / Raubischek, A.A. / Wu, A.M. / Hudson, P.J.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: The Crystal Structure of an Anti-CEA scFv Diabody Assembled from T84.66 scFvs in VL-to-VH Orientation: Implications for Diabody Flexibility
著者: Carmichael, J.A. / Power, B.E. / Garrett, T.P. / Yazaki, P.J. / Shively, J.E. / Raubischek, A.A. / Wu, A.M. / Hudson, P.J.
#1: ジャーナル: J.Immunol.Methods / 年: 2001
タイトル: Mammalian expression and hollow fiber bioreactor production of recombinant anti-CEA diabody and minibody for clinical applications.
著者: Yazaki, P.J. / Shively, L. / Clark, C. / Cheung, C.W. / Le, W. / Szpikowska, B. / Shively, J.E. / Raubitschek, A.A. / Wu, A.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1999
タイトル: Structure of an Exoglucanase complexed with conduritol B epoxide from A 50um Crystal using monocappilary optics.
著者: Varghese, L.N. / Van Donkelaar, A. / Hrmova, M. / Fincher, G.A. / Baliac, D.X. / Barnia, Z.
履歴
登録2002年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: anti-CEA mAb T84.66
B: anti-CEA mAb T84.66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9195
ポリマ－51,6312
非ポリマー2883
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area20950 Å2
手法PISA
2
A: anti-CEA mAb T84.66
B: anti-CEA mAb T84.66
ヘテロ分子

A: anti-CEA mAb T84.66
B: anti-CEA mAb T84.66
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,83910
ポリマ－103,2624
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area12250 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area37630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.314, 64.314, 247.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: 抗体 anti-CEA mAb T84.66 / T84.66 Anti-CEA SCFV Dimer


分子量: 25815.623 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-240 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: immunoglobulin variable domains linked VL to VH with (GGGSGGGG)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pEE12 / Cell (発現宿主): myeloma NSO cells / 遺伝子 (発現宿主): T84.66 / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
参照: UniProt: P01660, GenBank: 50373, UniProt: Q5R3X1*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: sodium chloride, HEPES, ammonium sulfate, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
115 mg/mlprotein1drop
20.1 MHEPES1reservoirpH7.5
30.1 M1reservoirNaCl
41.6 Mammonium sulfate1reservoir

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE1999年8月25日micro capillary focussing optic
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE1999年10月4日micro capillary focussing optic
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1micro capillary focussing opticSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2micro capillary focussing opticSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 19293 / Num. obs: 17303 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.2 Å2 / Limit h max: 24 / Limit h min: 0 / Limit k max: 18 / Limit k min: 0 / Limit l max: 96 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 322511.49 / Observed criterion F min: 0.32 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 1347 / % possible all: 72
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 15066 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 52.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 44.2 % / 冗長度: 18.5 % / Num. unique obs: 819 / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 3.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1gg2

1gg2


解像度: 2.6→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 1251 7.9 %random
Rwork0.213 ---
all0.246 19145 --
obs0.243 15856 82.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 35.2171 Å2 / ksol: 0.30081 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.15 Å2 / Biso mean: 42.58 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.836 Å20 Å20 Å2
2---2.836 Å20 Å2
3---5.672 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.56 Å
Luzzati d res high-2.49
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3636 0 15 71 3722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg27.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.26
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.49-2.580.446743.90.45210320.0521875110659
2.58-2.680.3771095.80.38211820.0361865129169.2
2.68-2.80.3281538.20.32913570.0261866151080.9
2.8-2.950.3071457.70.30814980.0261871164387.8
2.95-3.140.2921166.20.28715730.0271883168989.7
3.14-3.380.2981256.60.29215380.0271906166387.2
3.38-3.710.2641216.40.25415000.0241890162185.8
3.71-4.250.2391226.30.22814760.0221934159882.6
4.25-5.330.1831256.30.17815780.0161975170386.2
5.33-19.890.2581617.70.2618710.022088203297.3
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4so4_xplor.paramso4_xplor.top
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.298 / Rfactor Rwork: 0.215
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る