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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mo4 | ||||||
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タイトル | RECA-ATP-GAMMA-S COMPLEX | ||||||
![]() | RecA | ||||||
![]() | HYDROLASE / RECOMBINATION / DNA-REPAIR / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | ||||||
機能・相同性 | ![]() UV protection / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / intron homing / DNA strand exchange activity / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...UV protection / DNA strand invasion / intein-mediated protein splicing / intron homing / DNA strand exchange activity / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / SOS response / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA repair / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: Insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium Tuberculosis Reca and its Complex with Adp-Alf4: Implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996 タイトル: Functional Characterization of the Precursor and Spliced Forms of Reca Protein of Mycobacterium Tuberculosis. 著者: Ajay Kumar, R. / Vaze, M. / Chandra, N.R. / Vijayan, M. / Muniyappa, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 71.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 52.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 814.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 827.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37222.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pEJ135 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, EC: 3.4.99.37 |
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#2: 化合物 | ChemComp-AGS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THIS STRUCTURE CORRESPONDS TO THE MATURE MTRECA, A 38 KD POLYPEPTIDE CHAIN WHICH IS AN AUTOSPLICED ...THIS STRUCTURE CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.219 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, TRIS ACETATE, NACL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月12日 / 詳細: MIRROR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 8054 / Num. obs: 8054 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 790 / % possible all: 99.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 40215 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1G19 解像度: 3.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 107770.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.301 Å2 / ksol: 0.288989 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.2 Å / Rfactor Rwork: 0.204 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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