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- PDB-1mo4: RECA-ATP-GAMMA-S COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mo4
タイトルRECA-ATP-GAMMA-S COMPLEX
要素RecA
キーワードHYDROLASE / RECOMBINATION / DNA-REPAIR / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / UV protection / intron homing / intein-mediated protein splicing / SOS response / recombinational repair / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA repair / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / LAGLIDADG-like domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : ...RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / LAGLIDADG-like domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / : / RecA C-terminal domain / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / : / RecA N-terminal domain / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Homing endonuclease / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein RecA / Protein RecA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: Insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition
著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Crystal Structures of Mycobacterium Tuberculosis Reca and its Complex with Adp-Alf4: Implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation
著者: Datta, S. / Prabu, M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Functional Characterization of the Precursor and Spliced Forms of Reca Protein of Mycobacterium Tuberculosis.
著者: Ajay Kumar, R. / Vaze, M. / Chandra, N.R. / Vijayan, M. / Muniyappa, K.
履歴
登録2002年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.52023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RecA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7462
ポリマ－37,2221
非ポリマー5231
水1,26170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.075, 108.075, 72.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 RecA / Recombinase A


分子量: 37222.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
プラスミド: pEJ135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KM4104
参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, EC: 3.4.99.37
#2: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS STRUCTURE CORRESPONDS TO THE MATURE MTRECA, A 38 KD POLYPEPTIDE CHAIN WHICH IS AN AUTOSPLICED ...THIS STRUCTURE CORRESPONDS TO THE MATURE MTRECA, A 38 KD POLYPEPTIDE CHAIN WHICH IS AN AUTOSPLICED PRODUCT OF THE 85 KD MTRECA PRECURSOR (P0A5U4). THE MATURE MTRECA IS MADE OF RESIDUES 1-254 AND 695-790 OF THE PRECURSOR, RESULTING IN A SINGLE CHAIN OF 350 AA. FOR ANY RESIDUE N IN MTRECA SEQUENCE, N-1 WILL GIVE THE CORRESPONDING NUMBER IN ECRECA SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.219 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, TRIS ACETATE, NACL, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-acetate1droppH7.
3100 mM1dropNaCl
46 %PEG40001drop
520 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年3月12日 / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. all: 8054 / Num. obs: 8054 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 790 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 40215
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / % possible obs: 99.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G19

1g19


解像度: 3.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 107770.79 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 807 10.7 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.207 8054 --
obs0.207 7523 93.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.301 Å2 / ksol: 0.288989 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.34 Å21.03 Å20 Å2
2---4.34 Å20 Å2
3---8.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 31 70 2446
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 105 9.2 %
Rwork0.291 1034 -
obs--86 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SAP_XPLOR.PARAMSAP_XPLOR.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.2 Å / Rfactor Rwork: 0.204
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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