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- PDB-1mo0: Structural Genomics Of Caenorhabditis Elegans: Triose Phosphate I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mo0
タイトルStructural Genomics Of Caenorhabditis Elegans: Triose Phosphate Isomerase
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / STRUCTURAL GENOMICS / Triose Phosphate Isomerase / PSI / Protein Structure Initiative / Southeast Collaboratory for Structural Genomics / SECSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycolysis / Gluconeogenesis / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / myofibril / cell redox homeostasis ...Glycolysis / Gluconeogenesis / methylglyoxal synthase / methylglyoxal synthase activity / triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / myofibril / cell redox homeostasis / gluconeogenesis / determination of adult lifespan / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAS / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Symersky, J. / Li, S. / Finley, J. / Liu, Z.-J. / Qui, H. / Luan, C.H. / Carson, M. / Tsao, J. / Johnson, D. / Lin, G. ...Symersky, J. / Li, S. / Finley, J. / Liu, Z.-J. / Qui, H. / Luan, C.H. / Carson, M. / Tsao, J. / Johnson, D. / Lin, G. / Zhao, J. / Thomas, W. / Nagy, L.A. / Sha, B. / DeLucas, L.J. / Wang, B.-C. / Luo, M. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: triosephosphate isomerase
著者: Symersky, J. / Li, S. / Carson, M. / Luo, M.
#1: ジャーナル: To be published
タイトル: Structural genomics of Caenorhabditis elegans: The structure of the cytoskeleton-associated protein (CAP-Gly) domain of F53F4.3.
著者: Li, S. / Finley, J. / Liu, Z.-J. / Qui, H. / Luan, C.H. / Carson, M. / Tsao, J. / Johnson, D. / Lin, G. / Zhao, J. / Thomas, W. / Nagy, L.A. / Sha, B. / DeLucas, L.J. / Wang, B.-C. / Luo, M.
履歴
登録2002年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3589
ポリマ－59,7602
非ポリマー5987
水8,305461
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.399, 64.373, 105.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.53, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Triosephosphate isomerase / E.C.5.3.1.1 / TIM


分子量: 29880.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
プラスミド: PDEST 17.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q10657, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.063 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 2 M AMMONIUM SULFATE, 50 mM SODIUM ACETATE at pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
12 Mammonium sulfate1reservoir
250 mMsodium acetate1reservoirpH5.5
316 mg/mlprotein1drop
415 mMHEPES1droppH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.976
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→29.6 Å / Num. all: 49911 / Num. obs: 49911 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.49 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 2.64 % / Rsym value: 0.206
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 29.6 Å / Num. obs: 49994 / Num. measured all: 174695 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.206

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CNS1精密化
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: SAS
開始モデル: THE STRUCTURE WAS SOLVED USING THE DATA COLLECTED ON R-AXIS IV WITH CU_KA RADIATION TO 2-A RESOLUTION. THE CRYSTAL WAS SOAKED WITH POTASSIUM IODIDE PRIOR DATA COLLECTION

解像度: 1.7→29.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MLF
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 2496 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 49911 92.6 %-
all-49911 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.8849 Å2 / ksol: 0.384014 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 16.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å2-3.76 Å2
2---4.84 Å20 Å2
3---7.07 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.21 Å / Luzzati sigma a free: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3801 0 33 461 4295
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.1441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8382
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6132
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5862.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 394 5 %
Rwork0.238 7413 -
obs--87.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACT.PARAMACT.TOPOL
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 29.6 Å / Num. reflection obs: 49994 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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