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万見
- PDB-1mnv: Actinomycin D binding to ATGCTGCAT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mnv
タイトルActinomycin D binding to ATGCTGCAT
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
  • ACTINOMYCIN D
キーワードDNA/ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTIBIOTIC / ANTI CANCER / ANTITUMOR / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE / DNA-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性Actinomycin D / : / DNA
機能・相同性情報
生物種STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Hou, M.-H. / Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2002
タイトル: Crystal Structure of Actinomycin D Bound to the Ctg Triplet Repeat Sequences Linked to Neurological Diseases
著者: Hou, M.-H. / Robinson, H. / Gao, Y.-G. / Wang, A.H.-J.
履歴
登録2002年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月14日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
改定 1.42012年12月12日Group: Other
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 3.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*T)-3'
C: ACTINOMYCIN D
D: ACTINOMYCIN D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0454
ポリマ－8,0454
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-6.3 kcal/mol
Surface area4030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.240, 47.240, 69.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*CP*TP*GP*CP*AP*T)-3'


分子量: 2730.810 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in humans
#2: タンパク質・ペプチド ACTINOMYCIN D / DACTINOMYCIN


タイプ: Polypeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 1291.446 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ACTINOMYCIN D CONSISTS OF TWO PENTAMER RINGS LINKED BY THE CHROMOPHORE (PXZ)
由来: (組換発現) STREPTOMYCES ANTIBIOTICUS (バクテリア)
参照: NOR: NOR00228, Actinomycin D
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCIN D IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS REPRESENTED BY THE SEQUENCE (SEQRES)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.04 %
結晶化pH: 6
詳細: SODIUM-CACODYLATE BUFFER (PH 6.0), 10 MM BACL2, 3 MM SPERMINE, 4 % MPD SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 323K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium-cacodylate buffer11
2BaCl211
3spermine11
4MPD11
5BaCl212
6MPD12
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
11.3 mMDNA single strand1drop
21.3 mMActD1drop
340 mMsodium cacodylate1droppH6.0
410 mM1dropBaCl2
53 mMspermine1drop
64 %1drop
750 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.953
放射モノクロメーター: 3X3 MOSAIC CCD DETECTOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→80 Å / Num. obs: 25064 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.139 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. obs: 2650
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 2.6 Å / % possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
X-PLOR精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 120 -RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 2650 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 5.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数180 362 0 65 607
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 -5 %
Rwork0.233 2650 -
obs--95 %
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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