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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mn4 | ||||||
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タイトル | Structure of Ndt80 (Residues 59-340) DNA-binding domain core | ||||||
![]() | NDT80 PROTEIN | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / IG FOLD / PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamoureux, J.S. / Stuart, D. / Tsang, R. / Wu, C. / Glover, J.N.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the sporulation-specific transcription factor Ndt80 bound to DNA 著者: Lamoureux, J.S. / Stuart, D. / Tsang, R. / Wu, C. / Glover, J.N.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32385.701 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA-binding core (Residues 59-340) / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.58 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 4000, sodium acetate, magnesium chloride, spermine, 20mer DNA, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 5.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月21日 / 詳細: bent cylindrical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9563 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→14.95 Å / Num. all: 12530 / Num. obs: 13292 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 14.3 Å2 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Rsym value: 0.221 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Num. obs: 12292 / Num. measured all: 144249 / Rmerge(I) obs: 0.076 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.221 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→14.95 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 40 Å / Rfactor all: 0.229 / Rfactor Rfree: 0.268 / Rfactor Rwork: 0.226 / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.28 |