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万見
- PDB-1mms: Crystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mms
タイトルCrystal structure of the ribosomal PROTEIN L11-RNA complex
要素
  • 23S RIBOSOMAL RNA
  • PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
キーワードRIBOSOME / RNA-PROTEIN COMPLEX / RNA / TRANSLOCATION / THIOSTREPTON
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal ...Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12, C-terminal domain / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / METHYL MERCURY ION / RNA / RNA (> 10) / Large ribosomal subunit protein uL11
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Wimberly, B.T. / Guymon, R. / Mccutcheon, J.P. / White, S.W. / Ramakrishnan, V.
引用
ジャーナル: Cell / 年: 1999
タイトル: A detailed view of a ribosomal active site: the structure of the L11-RNA complex.
著者: B T Wimberly / R Guymon / J P McCutcheon / S W White / V Ramakrishnan /
要旨: We report the crystal structure of a 58 nucleotide fragment of 23S ribosomal RNA bound to ribosomal protein L11. This highly conserved ribonucleoprotein domain is the target for the thiostrepton ...We report the crystal structure of a 58 nucleotide fragment of 23S ribosomal RNA bound to ribosomal protein L11. This highly conserved ribonucleoprotein domain is the target for the thiostrepton family of antibiotics that disrupt elongation factor function. The highly compact RNA has both familiar and novel structural motifs. While the C-terminal domain of L11 binds RNA tightly, the N-terminal domain makes only limited contacts with RNA and is proposed to function as a switch that reversibly associates with an adjacent region of RNA. The sites of mutations conferring resistance to thiostrepton and micrococcin line a narrow cleft between the RNA and the N-terminal domain. These antibiotics are proposed to bind in this cleft, locking the putative switch and interfering with the function of elongation factors.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1996
タイトル: Cooperative interactions of RNA and thiostrepton antibiotic with two domains of ribosomal protein L11.
著者: Xing, Y. / Draper, D.E.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1982
タイトル: Site of action of a ribosomal RNA methylase conferring resistance to thiostrepton.
著者: Thompson, J. / Schmidt, F. / Cundliffe, E.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Binding of thiostrepton to a complex of 23-S rRNA with ribosomal protein L11.
著者: Thompson, J. / Cundliffe, E. / Stark, M.
履歴
登録1999年4月14日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 23S RIBOSOMAL RNA
D: 23S RIBOSOMAL RNA
A: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
B: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,43439
ポリマ－67,3484
非ポリマー3,08635
水2,558142
1
C: 23S RIBOSOMAL RNA
A: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,55722
ポリマ－33,6742
非ポリマー1,88320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: 23S RIBOSOMAL RNA
B: PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,87717
ポリマ－33,6742
非ポリマー1,20315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.890, 84.260, 155.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.974505, 0.101458, -0.200117), (0.097433, -0.994793, -0.029885), (-0.202107, 0.009626, -0.979316)-4.5433, -3.7488, -50.6929
2given(0.973477, 0.09878, -0.206364), (0.098758, -0.995057, -0.010432), (-0.206374, -0.010225, -0.97842)-4.8963, -2.8905, -50.9724

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要素

-
RNA鎖 / タンパク質 , 2種, 4分子 CDAB

#1: RNA鎖 23S RIBOSOMAL RNA


分子量: 18693.145 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1051-1108 / 変異: U1108C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: IN VITRO TRANSCRIBED RRNA FROM THERMOTOGA MARITIMA
#2: タンパク質 PROTEIN (RIBOSOMAL PROTEIN L11)


分子量: 14980.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: COVALENT MERCURY LIGAND AT CYS39
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
解説: RECOMBINANT PROTEIN / プラスミド: PET13A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29395

-
非ポリマー , 4種, 177分子

#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-MMC / METHYL MERCURY ION


分子量: 215.625 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3Hg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細THERE ARE A TOTAL OF 8 METHYLMERCURY IONS IN THE STRUCTURE. THE METHYL GROUP HAS NOT BEEN MODELLED ...THERE ARE A TOTAL OF 8 METHYLMERCURY IONS IN THE STRUCTURE. THE METHYL GROUP HAS NOT BEEN MODELLED FOR ANY OF THESE IONS. TWO OF THE IONS ARE COVALENTLY BOUND TO CYS A 39. ONE IS COVALENTLY BOUND TO U C 1061. ONE IS COVALENTLY BOUND TO U D 1061.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: TWO WAVELENGTH HG MAD
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 25% GLYCEROL, 15% PEG 4000, 50 MM TRIS PH 7.5, 50 MM MGCL2, 20 MM CDCL2, 0.2 M KCL, 1 MM DITHIOTHREITOL, 4 DEGREES C, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1GLYCEROL11
2PEG 400011
3TRIS11
4MGCL211
5CDCL211
6KCL11
7DITHIOTHREITOL11
8PEG 400012
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.15 mMprotein1drop
225 %glycerol1reservoir
315 %PEG40001reservoir
40.2 M1reservoirKCl
550 mM1reservoirMgCl2
620 mM1reservoirCdCl2
71 mMdithiothreitol1reservoir
850 mMTris1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.980,1.010
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
21.011
反射解像度: 2.57→20 Å / Num. all: 49313 / Num. obs: 49313 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 58.8 Å2 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Rsym value: 0.17 / % possible all: 86.2
反射
*PLUS

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.57→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: NCS RESTRAINTS APPLIED TO RNA THROUGHOUT, NOT TO PROTEIN THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO L11-RNA COMPLEXES. COMPLEX 1 CONSISTS OF CHAINS A AND C, AND COMPLEX 2 CONSISTS OF CHAINS B AND D. ...詳細: NCS RESTRAINTS APPLIED TO RNA THROUGHOUT, NOT TO PROTEIN THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWO L11-RNA COMPLEXES. COMPLEX 1 CONSISTS OF CHAINS A AND C, AND COMPLEX 2 CONSISTS OF CHAINS B AND D. RESIDUES 1-7 AND 141 OF CHAIN A ARE DISORDERED. THE DENSITY FOR RESIDUES 8-70 OF CHAIN A WAS OF SIGNIFICANTLY LOWER QUALITY THAN THE DENSITY FOR THE REMAINDER OF THE ASYMMETRIC UNIT, AND THE QUALITY OF THE MODEL FOR THIS N-TERMINAL DOMAIN IS LOWER THAN THAT OF THE C-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 71-140). RESIDUES 1-70 AND 141 OF CHAIN B ARE DISORDERED. THE RNA IS NUMBERED WITH THE E. COLI NUMBERING TO FACILITATE COMPARISON WITH THE EXTENSIVE BIOCHEMICAL DATA ON THE E. COLI RNA-L11 SYSTEM. THE E. COLI RNA NUMBERING IS ALSO USED IN THE PRIMARY REFERENCE DESCRIBING THIS STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2398 4.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all-49313 --
obs-49313 95.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1522 2474 35 142 4173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.591.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.282
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it6.592
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it9.242.5
Refine LS restraints NCS

NCS model details: RESTRAINTS / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev Biso : 5.51 Å2 / Rms dev position: 0.07 Å / Weight Biso : 2 / Weight position: 50

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID
11C
22D
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 331 4.5 %
Rwork0.386 7101 -
obs--86.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1DNA-RNA-MULTI-ENDO.PARAMDNA-RNA-MULTI-ENDO.TOP
X-RAY DIFFRACTION2PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION3TOPH19.SOL
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 42.8 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.432 / % reflection Rfree: 4.5 % / Rfactor Rwork: 0.386

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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