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- PDB-1mmo: CRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL NON-HAEM IRON HYDROXYLASE THAT C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mmo
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A BACTERIAL NON-HAEM IRON HYDROXYLASE THAT CATALYSES THE BIOLOGICAL OXIDATION OF METHANE
要素(METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE ...) x 3
キーワードOXIDOREDUCTASE (MONOOXYGENASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


methane metabolic process / methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / one-carbon metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 1 / Methane monooxygenase, gamma chain, domain 2 / Methane monooxygenase, gamma chain superfamily / : / : / Methane monooxygenase, hydrolase gamma chain / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Monooxygenase / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / : / Methane monooxygenase component A gamma chain / Methane monooxygenase component A beta chain / Methane monooxygenase component A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 1993
タイトル: Crystal structure of a bacterial non-haem iron hydroxylase that catalyses the biological oxidation of methane.
著者: Rosenzweig, A.C. / Frederick, C.A. / Lippard, S.J. / Nordlund, P.
履歴
登録1994年2月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX IN *HELIX* RECORDS BELOW, HELIX IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "D" OR "E" DENOTE THE ...HELIX IN *HELIX* RECORDS BELOW, HELIX IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "D" OR "E" DENOTE THE A SUBUNIT. HELIX IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "B" OR "C" DENOTE THE B SUBUNIT. HELIX IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "G" OR "H" DENOTE THE G SUBUNIT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN)
C: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN)
D: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN)
E: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN)
G: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN)
H: METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,69312
ポリマ－245,3506
非ポリマー3436
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40230 Å2
ΔGint-205 kcal/mol
Surface area62900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.600, 110.100, 333.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: ALA D 19 - PRO D 20 OMEGA = 149.54 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
2: ALA E 19 - PRO E 20 OMEGA = 146.10 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION
3: CIS PROLINE - PRO G 121 / 4: CIS PROLINE - PRO H 121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9999, -0.00538, -0.00427), (-0.00198, -0.36884, 0.92949), (-0.0065, 0.92947, 0.36882)
ベクター: 84.26408, 27.26639, -18.08793)
詳細THERE IS A NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS RELATING THE ABG PAIRS IN THE DIMER. THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS C, E, AND H WHEN APPLIED TO CHAINS B, D, AND G, RESPECTIVELY.

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要素

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METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE ... , 3種, 6分子 BCDEGH

#1: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (BETA CHAIN)


分子量: 44452.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
参照: UniProt: P18798, methane monooxygenase (soluble)
#2: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (ALPHA CHAIN)


分子量: 59241.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
参照: UniProt: P22869, methane monooxygenase (soluble)
#3: タンパク質 METHANE MONOOXYGENASE HYDROLASE (GAMMA CHAIN)


分子量: 18980.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
参照: UniProt: P11987, methane monooxygenase (soluble)

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非ポリマー , 3種, 865分子

#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細IN *TURN* RECORDS BELOW, TURN IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "D" OR "E" CORRESPOND TO THE ...IN *TURN* RECORDS BELOW, TURN IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "D" OR "E" CORRESPOND TO THE A SUBUNIT. TURN IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "B" OR "C" CORRESPOND TO THE B SUBUNIT. TURN IDENTIFIERS WHICH BEGIN WITH THE LETTER "G" OR "H" CORRESPOND TO THE G SUBUNIT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 %PEG400011
225 mM11Li2SO4
350 mM11NH4OAc
425 mMMOPS11

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / Num. obs: 103751 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.094

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→5 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
Rwork0.17 -
obs0.17 93453
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21270 0 4 2585 23859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.17 / Rfactor Rwork: 0.17
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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