PDB-1mmi: E. COLI DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mmi

タイトル

E. COLI DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT

要素

DNA polymerase III, beta chain

キーワード

TRANSFERASE / DNA POLYMERASE BETA SUBUNIT / E. COLI / DNA REPLICATION / SLIDING CLAMP / PROCESSIVITY FACTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

Hda-beta clamp complex / bacterial-type DNA replication / replication inhibiting complex / DNA polymerase III complex / replisome / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / error-prone translesion synthesis / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / 3'-5' exonuclease activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.848 Å

データ登録者

Oakley, A.J. / Prosselkov, P. / Wijffels, G. / Beck, J.L. / Wilce, M.C.J. / Dixon, N.E.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Flexibility revealed by the 1.85 A crystal structure of the beta sliding-clamp subunit of Escherichia coli DNA polymerase III.
著者: Oakley, A.J. / Prosselkov, P. / Wijffels, G. / Beck, J.L. / Wilce, M.C. / Dixon, N.E.

履歴

登録	2002年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2003年9月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mmi.cif.gz	169 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mmi.ent.gz	135.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mmi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1mmi_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1mmi_full_validation.pdf.gz	470 KB	表示
XML形式データ	1mmi_validation.xml.gz	38.5 KB	表示
CIF形式データ	1mmi_validation.cif.gz	56.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/1mmi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2polS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2pol-d 6amq-2 4k3r-d 3d1g-d 4mjr-d 4n94-d 6amq-1 3qsb-d 4k3p-d 4mjq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (10)

登録構造単位

A: DNA polymerase III, beta chain

B: DNA polymerase III, beta chain

81.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.012, 66.595, 80.779
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.02, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Asymmetric unit contains physiologically relevant dimer

#1: タンパク質	DNA polymerase III, beta chain 分子量: 40630.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: dnaN / プラスミド: pND261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AN1459 / 参照: UniProt: P0A988, DNA-directed DNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 665 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.13 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Na/H MES, 50 to 60 mM CaCl2, 30% v/v PEG 400, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

結晶化

*PLUS

温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	45-60 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium MES	1	reservoir	pH6.0
3	50-60 mM		1	reservoir		CaCl2
4	30 %(v/v)	PEG400	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月23日
放射	モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 62043 / Num. obs: 62043 / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 1.92 % / R_merge(I) obs: 0.056
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 1.84 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 1.75 / % possible all: 91.7
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs*: 93.4 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 91.7 % / Num. unique obs: 6056 / Mean I/σ(I) obs*: 1.76

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2POL

2pol

解像度: 1.848→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.938 / SU ML: 0.116 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24461	3119	5 %	RANDOM
R_work	0.18839	-	-	-
obs	0.19119	58907	93.13 %	-
all	-	62026	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.719 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	1.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.848→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5865	0	0	665	6530

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	5981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	5593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.974	8118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.718	3	12992
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.103	5	767
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	20.324	15	1129
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	917
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.022	0.02	6763
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1194
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.26	0.2	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.293	0.2	7256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	4097
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.349	0.5	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.297	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.371	0.2	124
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.344	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.605	0.5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.545	1.5	3762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.975	2	6103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.38	3	2219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.547	4.5	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.848→1.896 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.316	231
R_work	0.254	4099

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.19 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 50 Å / R_factor R_free: 0.2446 / R_factor R_work: 0.1884

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.37
X-RAY DIFFRACTION	r_plane_restr	0.021

LS精密化シェル

*PLUS

最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 1.9 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

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