[日本語] English
万見
- PDB-1mme: THE CRYSTAL STRUCTURE OF AN ALL-RNA HAMMERHEAD RIBOZYME: A PROPOS... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mme
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF AN ALL-RNA HAMMERHEAD RIBOZYME: A PROPOSED MECHANISM FOR RNA CATALYTIC CLEAVAGE
要素(RNA HAMMERHEAD RIBOZYME) x 2
キーワードRIBOZYME / RNA HAMMERHEAD RIBOZYME / CATALYTIC RNA / LOOP
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Scott, W.G. / Finch, J.T. / Klug, A.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1995
タイトル: The crystal structure of an all-RNA hammerhead ribozyme: a proposed mechanism for RNA catalytic cleavage.
著者: Scott, W.G. / Finch, J.T. / Klug, A.
履歴
登録1995年12月9日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01996年2月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME
B: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME
C: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME
D: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3804
ポリマ－26,3804
非ポリマー00
水00
1
A: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME
B: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1902
ポリマ－13,1902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME
D: RNA HAMMERHEAD RIBOZYME


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1902
ポリマ－13,1902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.980, 64.980, 138.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: RNA鎖 RNA HAMMERHEAD RIBOZYME


分子量: 5170.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA HAMMERHEAD RIBOZYME


分子量: 8019.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.00K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2PEG 600011
3GLYCEROL11
4NH4 CACODYLATE11
5NH4 ACETATE11
6MG ACETATE11
7SPERMINE11
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 40 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.5 mMribozyme complex1drop
210 mMammonium cacodylate1drop
350 mMammonium cacodylate1reservoir
4100 mM1reservoirNH4OAc
510 mM1reservoirMg(OAc)2
61 mMspermine1reservoir
723 %PEG60001reservoir
85 %glycerol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年11月3日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→15 Å / Num. obs: 6529 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.085
反射
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 15 Å / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.3 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
IPMOSFLMデータ削減
精密化解像度: 3.1→15 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 --35.6
Rwork0.251 ---
obs0.251 6199 94.9 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å / Luzzati d res low obs: 0 Å / Luzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1746 0 0 1746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d16.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg16.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る