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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1mmb | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF BB94 WITH THE CATALYTIC DOMAIN OF MATRIX METALLOPROTEINASE-8 | ||||||
![]() | MATRIX METALLOPROTEINASE-8 | ||||||
![]() | HYDROLASE (METALLOPROTEASE) / HYDROLASE / METALLOPROTEASE / METZINCINS / COLLAGEN DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly ...neutrophil collagenase / tumor necrosis factor binding / positive regulation of microglial cell activation / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / collagen catabolic process / extracellular matrix disassembly / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / metalloendopeptidase activity / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / tertiary granule lumen / peptidase activity / cellular response to lipopolysaccharide / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bode, W. / Grams, F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure determination and analysis of human neutrophil collagenase complexed with a hydroxamate inhibitor. 著者: Grams, F. / Crimmin, M. / Hinnes, L. / Huxley, P. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Bode, W. #1: ![]() タイトル: X-Ray Structures of Human Neutrophil Collagenase Complexed with Peptide Hydroxamate and Peptide Thiol Inhibitors. Implications for Substrate Binding and Rational Drug Design 著者: Grams, F. / Reinemer, P. / Powers, J.C. / Kleine, T. / Pieper, M. / Tschesche, H. / Huber, R. / Bode, W. #2: ![]() タイトル: Structural Implications for the Role of the N Terminus in the 'Superactivation' of Collagenases. A Crystallographic Study 著者: Reinemer, P. / Grams, F. / Huber, R. / Kleine, T. / Schnierer, S. / Piper, M. / Tschesche, H. / Bode, W. #3: ![]() タイトル: The X-Ray Crystal Structure of the Catalytic Domain of Human Neutrophil Collagenase Inhibited by a Substrate Analogue Reveals the Essentials for Catalysis and Specificity 著者: Bode, W. / Reinemer, P. / Huber, R. / Kleine, T. / Schnierer, S. / Tschesche, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 455.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18111.744 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 詳細: MMP-8 IS IDENTICAL TO THE HUMAN NEUTROPHIL, COLLAGENASE 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-BAT / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 9465 / % possible obs: 89.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 9999 Å / Num. all: 32085 / Num. measured all: 33465 / Rmerge(I) obs: 0.103 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.15 Å / % possible obs: 34.8 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→8 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.189 / Rfactor Rwork: 0.189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.17 Å / Rfactor obs: 0.295 |