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万見
- PDB-1mm8: Crystal structure of Tn5 Transposase complexed with ME DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mm8
タイトルCrystal structure of Tn5 Transposase complexed with ME DNA
要素
  • ME DNA non-transferred strand
  • ME DNA transferred strand
  • Tn5 Transposase
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / protein-DNA complex / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : ...Tn5 transposase; domain 1 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain2 / Transferase Inhibitor Protein From Tn5; Chain / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase Inhibitor Protein From Tn5; Chain A, domain 1 / Transposase, IS4-like / Transposase, Tn5-like, N-terminal / Transposase, Tn5-like, C-terminal / Transposase, Tn5-like, N-terminal domain superfamily / : / : / Transposase DDE domain / Transposase DNA-binding / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Transposase for transposon Tn5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Steiniger-White, M. / Bhasin, A. / Lovell, S. / Rayment, I. / Reznikoff, W.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Evidence for "unseen" Transposase--DNA contacts
著者: Steiniger-White, M. / Bhasin, A. / Lovell, S. / Rayment, I. / Reznikoff, W.S.
履歴
登録2002年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: ME DNA transferred strand
C: ME DNA non-transferred strand
A: Tn5 Transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2225
ポリマ－66,1123
非ポリマー1102
水4,576254
1
B: ME DNA transferred strand
C: ME DNA non-transferred strand
A: Tn5 Transposase
ヘテロ分子

B: ME DNA transferred strand
C: ME DNA non-transferred strand
A: Tn5 Transposase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,44310
ポリマ－132,2236
非ポリマー2204
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+11/61
単位格子
Length a, b, c (Å)112.500, 112.500, 233.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: DNA鎖 ME DNA transferred strand


分子量: 6271.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesized by IDT
#2: DNA鎖 ME DNA non-transferred strand


分子量: 5994.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesized by IDT
#3: タンパク質 Tn5 Transposase


分子量: 53845.719 Da / 分子数: 1 / Mutation: E58K, M60A, E349K, L376P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: Tn5 Transposases / プラスミド: pTYB4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q46731
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% Peg 1500, 300 mM Na tartrate, 50 mM Hepes, 5 mM MnCl2, pH 8., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Peg 150011
2Na tartrate11
3Hepes11
4MnCl211
5Na tartrate12
6MnCl212
結晶化
*PLUS
pH: 7.7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
1300 mM1dropKCl
220 mMHEPES1droppH7.7
32 mMEDTA1drop
410 mg/mlprotein1drop
515 %(w/v)PEG15001reservoir
6300 mMsodium tartrate1reservoir
750 mMHEPES1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.96486 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月22日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→500 Å / Num. all: 22984 / Num. obs: 22984 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.145
反射 シェル解像度: 1.9→2.8 Å / % possible all: 50
反射
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 500 Å / % possible obs: 90 % / Num. measured all: 299225

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→500 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.271 1034 random
Rwork0.217 --
all-22984 -
obs-22984 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→500 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3563 814 2 254 4633
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.9 Å / 最低解像度: 500 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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